Московские и петроградские фабрики и гарнизоны бастовали еще до того, как антоновцы были расстреляны или отправлены в лагеря. Хлебный паек был предельно урезан; дров и угля не было. После поражения белых рабочие уже не понимали, почему они должны еще голодать, мерзнуть, сидеть без работы и на военном положении. В марте 1921 г. Кронштадтский гарнизон предъявил требования свободных выборов, свободы слова и передачи земли крестьянам. Кроншадтскую делегацию арестовали, Троцкий и Тухачевский заставили войска подавить мятежников. Петроградская ЧК, не предупредившая мятеж, до того опозорилась своей безалаберностью, что Дзержинский подослал туда из Москвы вместе с Яковом Аграновым поляка Станислава Мессинга, чтобы судить (и очень часто расстреливать) мятежных матросов.
Менжинский при участии Михаила Кедрова составил обращение в ЦК, в котором предупреждал Ленина, Зиновьева и Сталина, что крестьянские мятежи хорошо организованы и что, если условия станут еще хуже, столичные рабочие забастуют в знак солидарности с крестьянством. Кроме того, Менжинский предостерегал, что обласканные Троцким профсоюзы подрывают авторитет партии и что Красная армия становится ненадежным орудием власти. В записке настойчиво говорилось о том, что только собственные силы ЧК, спецназы, еще были годны для восстановления порядка в гарнизонах и на фабриках.
Катастрофа за катастрофой будто бы доказывала правоту ЧК. Менжинский пытался объяснить положение дел Троцкому, которому он уже раньше донес, что Сталин интригует против него. Троцкий резко отклонил советы Менжинского, которого он считал человеком непоследовательным и незначительным. Согласился он с Менжинским только по одному пункту – о том, что Петроградская ЧК тайно сочувствовала кронштадтским повстанцам. В ликвидации Кронштадтского мятежа, однако, Менжинский не сыграл заметной роли; он лишь распорядился об отправке тысячи недовольных моряков в Одессу, в результате чего и там чуть не вспыхнул 63шт. Поэтому только через восемь лет Менжинскому снова доверили дело массовых репрессий.
Одной из главных задач Менжинского в начале 1920-х гг. был надзор над интеллигенцией. Весной 1921 г. и Александр Блок, и Федор Сологуб просили выдать им выездные визы (8). Самый мягкий из вождей, Анатолий Луначарский, сам бывший драматург-символист и теперь нарком народного просвещения, был не прочь выдать эти визы и даже выразил сострадание: