В XIII веке территория вошла в состав империи Чингисхана, затем – Тамерлана. Киргизы постепенно обосновались в своей нынешней территории. В начале XIX века они попали под власть узбекского Кокандского ханства, которая им не понравилась. В 1855—63 годах северная Киргизия была присоединена к Российской империи, а в 1876 году к нам отошла и Южная Киргизия. Некоторые русские – крестьяне, купцы и даже монахи-миссионеры, стали переселяться в район Пишпека (нынешний Бишкек) и на Иссык-Куль, некоторые киргизы стали учить русский язык.
В 1916 году прошли русско-киргизские погромы и волнения с большим количеством жертв. Они были подавлены царским правительством, но и царю оставалось править недолго. В целом к 1917 году регион оставался отсталой частью Империи.
После революции Киргизия стала частью Туркестанской АССР, которая была частью РСФСР. Только в 1936 году появилась отдельная Киргизская ССР. В советские годы Киргизия повторила судьбу других окраин Союза. Индустриализация, электрификация, строительство ГЭС, автодорог, заводов и фабрик (развалины некоторых фабрик сохранились и до наших дней), борьба с болезнями и безграмотностью. До революции писать и читать умели, вероятно, 2—3% населения, через двадцать лет после революции грамоте обучились почти все. Появились библиотеки, избы-читальни, газеты, радио. Только железных дорог не стало много – с общесоюзной ж.д.системой небольшими тупичками были соединены только Бишкек да Балыкчы, Джалал-Абад и Ош.
Кочевую сущность киргизов постарались искоренять – переселяли людей в посёлки, строили кое-где многоквартирные дома, мало кто зимовал уже в юртах, зато все были прописаны, вовремя голосовали и вообще были под присмотром. Сельское население было объединено в колхозы и совхозы, каждый знал, что ему делать, и большинство стариков, доживших до наших дней, вспоминают советские времена с ностальгией.
Многие жители Киргизской ССР отправились на фронта Великой Отечественной войны, памятники погибшим в ВОВ до сих пор имеются в каждом городе и в каждом большом селе. Борьба с частным предпринимательством, религией и свободомыслием также производилась в Киргизии, почти все мечети были закрыты, религиозные активисты – посажены, введена была новая вера в светлое будущее и в Ленина – культ этого вождя сохранился и по сей день, памятники Ильичу украшают каждый сколь-нибудь крупный киргизский населённый пункт.
В 1990 году произошёл один из первых межнациональных конфликтов в СССР – Ошская резня, погибло несколько тысяч человек. Национальный вопрос, не особенно возникавший раньше, стал раздуваться после Ошских событий (хотим ли мы жить в одном государстве с вредными соседями?). В 1991 году, после августовского путча, руководство Киргизской ССР