В 1917 г. Владимир Лебедев был избран президентом Всероссийского Аэроклуба. Помимо этого, несмотря на его огромную занятность производственными заботами, правление Аэроклуба назначило Лебедева начальником авиашколы, заведующим Комендантским аэродромом и гидропланной станцией на Крестовском острове в Петрограде.
После большевистского переворота в октябре 1917 г. петроградский завод «Акционерного общества воздухоплавания В. А. Лебедева» и другое его имущество (аэродром, испытательная станция, мастерские) были конфискованы новой властью, а капиталист Владимир Лебедев объявлен контре-волюционным элементом. Чтобы избежать расстрела, уготованного большевиками помещикам и капиталистам, Лебедев бежал на юг России, где оставался его завод в Таганроге.
В последовавшей круговерти смены властей, немецкой оккупации, занятия Таганрога частями Добровольческой армии завод практически не работал, а когда Таганрог находился под властью верховного руководителя Вооруженных Сил Юга России генерала Деникина, белые пытались использовать завод в качестве ремонтной базы для собственной авиации.
В Таганроге В. Лебедев провел годы Гражданской войны. Будучи министром торговли и промышленности в правительстве генерала Деникина, Лебедев пытался организовать производство самолетов. Однако в условиях разрухи Гражданской войны сделать это не удалось, и заводские помещения использовались только для ремонта авиатехники. После ликвидации белого движения и окончательного установления большевистской власти Лебедев эмигрировал в Сербию. Здесь он некоторое время являлся представителем французских фирм, внедряя на местный рынок авиамоторы «Гном» и «Рон». В 1926 г. Лебедев переехал в Париж, где долгое время работал в авиационной промышленности. Его вклад в развитие французской авиации был отмечен орденом Почетного Легиона. Умер Владимир Александрович Лебедев 22 февраля 1947 г. в Париже.
В январе 1920 г., после ухода Добровольческой армии, оставшиеся немногочисленные работники завода организовали охрану предприятия и имущества. В спешке отступавшие белые бросили на заводе большое количество различного авиационного имущества, агрегатов, самолетов и боеприпасов (в основном это были снаряженные авиационные бомбы).
Лихолетье Гражданской войны, разруха в стране, распад экономических связей, потеря квалифицированных кадров привели к тому, что до 1922 г. завод толком не работал. Кое-как функционировали некоторые мастерские – сборочная, механическая, слесарная, малярная, столярная, моторная. Велся ремонт самолетов РККВФ (как сухопутных, так и летающих лодок) и сборка из имевшегося задела импортных агрегатов, самолетов D.H. – 9 и «Сопвич». Несколько особняком стоит спроектированный Н. Г. Михельсоном, Μ. М. Шишмаревым и В. Л. Корвин-Кербером в 1921 г. одноместный поплавковый истребитель МК-1 «Рыбка». После защиты проекта в Москве самолет начали строить в Таганроге.