На протяжении следующих семи лет он, король и герцог Лодердейл управляли Шотландией по собственному усмотрению, хотя Морей также поддерживал тесные отношения с шотландской ветвью семьи Гамильтон. До самой смерти он оставался одним из самых близких советников короля. «Карл всецело доверял ему, и его советы всегда призывали к благоразумию и умеренности». Король нередко наносил частные визиты в его лабораторию в Уайтхолле и отзывался о нем как о «главе своей собственной церкви». Среди его коллег были такие люди, как Эвелин, Гюйгенс и Пепис, и все отзывались о нем только в превосходной степени. По утверждению энциклопедии, «его бескорыстие и возвышенность его целей признавались всеми. Он был лишен честолюбия и сам признавался, что не любил публичных мероприятий».
По свидетельству других современников, Морей был «известным химиком, страстным защитником розенкрейцеров и превосходным математиком». Именно его компетентность оказала огромное влияние на будущие поколения. Дело в том, что Морей являлся не только одним из основателей Королевского общества. Он также был его направляющей силой, или, как говорил Гюйгенс, «душой». По словам Фрэнсис Йейтс, «Морей больше любого другого человека сделал для того, чтобы основать Королевское общество и убедить Карла II взять его под свое покровительство». Морей до конца жизни считал Королевское общество своим самым главным достижением и «прилежно пекся о его интересах».
Учитывая тот факт, что сохранилось очень мало документов о масонстве семнадцатого века, можно лишь догадываться об интересах, деятельности и ориентации общества по связанным с ним выдающимся личностям. Именно таким индикатором и является Морей. Похоже, он был типичным представителем масонов семнадцатого века. Если это действительно так, то масонство этого периода может быть охарактеризовано как сплав традиций, сохранившихся благодаря шотландской гвардии и знатным шотландским фамилиям, таким как Линдсеи и Сетоны, алхимии и учения розенкрейцеров, проникших из континентальной Европы, а также различных научных и философских интересов, преобладавших в «Невидимом колледже», а впоследствии и в Королевском обществе.
Сразу же после реставрации монархии в философии и религии, в искусстве, науке и, самое главное, в архитектуре для масонства наступили спокойные времена. Расцветая, масонство само оказывало благотворное и конструктивное влияние на общество. Можно даже утверждать, что оно – благодаря все более широкому распространению и большей открытости – внесло существенный вклад в лечение нанесенных гражданской войной ран.
Тем не менее нельзя сказать, что масоны не подвергались критике. В одной из сатирических пьес-однодневок, изданной в 1676 году, содержалось такое шутливое объявление:
«Обращаем