Внутренним осмотром затонувших 5–7-го отсеков и последующей разборкой места взрыва было установлено, что взорвались 23 подрывных патрона № 3, находившиеся в штатном ящике, под 6-м торпедным аппаратом, и 4 баллона с кислородом, находившиеся между указанным ящиком и левым бортом. Находившиеся в 7-м отсеке, но хранившиеся отдельно, в рундучке одного из краснофлотцев (Морозов) 2 подрывных патрона № 3 и 10 штук запальних стаканов не сдетонировали и были обнаружены после взрыва.
Взрывом, как указывалось выше, был вырван левый борт 7-го отсека в районе 6-го торпедного аппарата, полностью разрушено оборудование и приборы 7-го отсека, в том числе торпедные аппараты и машинные отделения, находившихся в них торпед. Резервуары торпед со сжатым воздухом разрушены не были, а запалы и БЗО торпед не сдетонировали, что спасло лодку от окончательной гибели и повреждений рядом пришвартованную подводную лодку Щ-137.
Полностью разрушена переборка 61 шпангоута и оборудование и приборы 6-го отсека. Отдыхавшие в 6-м отсеке 3 краснофлотца и главный старшина Самарин были убиты. У всех проломы черепов и множественные переломы костей. После осмотра трупы погибших были извлечены и преданы погребению. Разорвана и деформирована переборка между 6-м и 5-м отсеками. Оборудование 5-го отсека и дизеля от взрыва не страдали».
Что выявило расследование
Из специального донесения в адрес Военного совета Тихо океанского флота о результатах расследования взрыва на подводной лодке Щ-139: «Расследованием, а затем и собственным признанием было установлено, что взрыв был умышленно организован командиром БЧ-2–3 Щ-139 лейтенантом Ефимовым следующим путем:
19 марта 1945 года Ефимов по распоряжению командира лодки получил с базы для выполнения задачи ТЗ-10 один подрывной патрон № 2 и один запал (ДБШ) к нему.
Выполнение задачи ТЗ-10 было отменено, однако Ефимов продолжал хранить в своей тумбочке в 1-м отсеке лодки оба полученные предмета до дня взрыва, не внося полученных в приходно-расходный журнал боезапасов и не передавая запал на хранение командиру лодки.
В день взрыва Ефимов был дежурным офицером по лодке (документов о дежурстве Ефимова на лодке нет). Сам он это отрицает, заявив, что остался только на 2 часа за дежурившего помощника командира лодки, составлял график артиллерийских стрельб. Решив взорвать лодку и вынимая из своей тумбочки необходимые для составления графика “ПАС-Б-22” и “ПАС-В-4”, Ефимов одновременно взял из тумбочки хранившийся там подрывной патрон и ДБШ и положил их в карманы меховой куртки от альпакового костюма, в которую был одет.
Выбирая наиболее удобный момент для взрыва, воспользовавшись тем, что личный состав подводной лодки, за исключением вахты, ушел на берег, Ефимов отправил обедать в кают-компанию вместо себя дежурного по низам старшину Самарина, а сам остался обедать вместе с вахтой на лодке. Пообедав в 7-м отсеке, Ефимов лег на диван