При этом судимость с Шуйского сняли только в 1942 году. Причиной к снятию послужили итоги знаменитого декабрьского боя в 1941 году К-3, которую вывел в море Магомет Гаджиев. Шуйский был в этом походе старпомом. Тогда подводная лодка потопила транспорт, подверглась преследованию, всплыла в надводное положение и расстреляла преследовавшие ее корабли охранения конвоя. В итоге орденами и медалями наградили весь экипаж, кроме одного человека – Шуйского: с него сняли судимость.
Вот как описывает события, которые изменили судьбу старпома К-3, историк Северного флота и писатель-маринист Сергей Ковалев: «19 февраля 1942 года подводная лодка Щ-403, которой командовал капитан-лейтенант Семен Коваленко, высадив на вражеский берег группу разведчиков, ночью в надводном положении выходила из Порсангер-фьорда. Внезапно она встретила немецкий отряд боевых кораблей в составе минного заградителя “Бруммер” и двух тральщиков, М-1502 и М-1503. На “щуке” вахтенный офицер, находившийся в рубке на командирском мостике, растерялся и вместо того, чтобы скомандовать: “Срочное погружение!”, пригласил командира на мостик. Коваленко, поднявшись из прочного корпуса наверх, мгновенно оценил обстановку: лодку обнаружили, а один из тральщиков уже пытается выйти на таран. Расстояние между ним и Щ-403 резко сокращается, и о погружении, даже самом срочном, уже не может быть и речи. Более того, по лодке вражеские корабли открыли ураганный артиллерийский и пулеметный огонь. Командир “щуки” дал команду приготовить кормовые торпедные аппараты к залпу. И аппараты приготовили к стрельбе. Но в тот момент, когда уже нужно было выстрелить по минному заградителю, команда на залп до кормового отсека почему-то не дошла. Однако лодка все равно уклонилась от таранного удара тральщика. Вслед за ним в атаку на “щуку” вышел уже минный заградитель. Но командир прикинул по расстоянию до “Бруммера”, что “по-срочному” они погрузиться успеют. Подал команду: “Срочное погружение!” – и в этот момент его тяжело ранило. Коваленко упал в ограждении рубки, прозванном подводниками за полукруглые обводы “лимузином”. А вахтенный офицер, выждав короткое время, оглядел мостик и поспешил к рубочному люку. Крикнул: “Есть кто в “лимузине”?” Но ответа не последовало. А еще он увидел, как вниз, в прочный корпус, спускался кто-то, тяжело раненный, окровавленный, и офицер посчитал, что это командир. Но это был боцман.
Вахтенный офицер дал возможность мнимому командиру спуститься в центральный пост. И уже когда начал закрывать за собой рубочный люк, так как лодка шла на срочное погружение, то внезапно увидел в темноте лежащего командира, последними словами которого были: “Погружайтесь без меня!” Но что значило в той ситуации спасти командира лодки? Лодка успела погрузиться на глубину лишь семь метров. И таранного удара минного заградителя избежать ей не удалось, хотя и пришелся он вскользь по легкому корпусу, погнул перископы, перекосил ограждение