12 ноября 1938 года RLM выпустило официальное предварительное уведомление о строительстве первого невооруженного прототипа He-177V1, а затем еще пяти прототипов с расчетом начать серийное производство бомбардировщика в феврале 1940 года. При этом требование о возможности пикирования сохранялось. Хейнкель пытался возразить, указав на трудности с установкой и отработкой спаренных двигателей DB-606, и предложил сделать хотя бы два из шести прототипов с четырьмя отдельными двигателями Jumo-211. Кроме всего прочего, в ходе проектирования выяснилось, что спаренная установка требует установки разного дополнительного оборудования, в том числе крупных и тяжелых радиаторов, чтобы обеспечить ее нормальное охлаждение. В результате первоначальная расчетная масса He-177 увеличилась сразу на 4 тонны: с 25 до 29 тонн. А это в свою очередь привело к тому, что изначально рассчитанная скорость 500 км/ч снизилась до 460 км/ч. Что уже превращало бомбардировщик из «скоростного» в «обычный». Получалось, что прирост скорости, который обеспечивала двухдвигательная схема, дезавуировался ее чрезмерной громоздкостью. В то же время при установке четырех моторов получался вполне современный тяжелый бомбардировщик. Однако эта идея была категорически отвергнута, опять же, из-за неспособности четырехмоторного самолета к пикированию.
В январе 1939 года из-за возникших проблем с DB-606 инженер Хертель начал переговоры с фирмой Junkers Flugzeug und Motorenwerke (JFM), с тем чтобы попытаться создать альтернативный тандем Jumo-212, представлявший собой спарку из двух моторов Jumo-211. Позднее появилась идея соединения уже пары двигателей Jumo-213, а также двухрядных радиальных двигателей BMW-801, соединенных в спарку BMW-802. Однако «БМВ» оказались в большом дефиците, так как требовались для производства пикирующих бомбардировщиков Ju-88 и четырехмоторных Ju-90.
Шасси Не-177 имели