По преданию, могила царского любимца была покрыта мраморной доской с вырезанной на ней эпитафией: «Остерегись, прохожий, не попирай ногами сего камня: он омочен слезами величайшего в свете монарха». В 1702 г. Анри Лефорт, сын Франца Яковлевича, писал дяде в Женеву: «Я ходил туда, где похоронен мой отец. Гроб его стоит в каменном склепе. Я приказал открыть гроб и видел отца: он сохранился так хорошо, как будто не лежал там и недели, а уже прошло три года…» К сожалению, могила Лефорта не сохранилась. Историки предполагают, что при разборке реформатской церкви в XIX веке прах Лефорта перезахоронили.
В 1862 г. в московской газете «Наше время» появился рассказ некоего купца о том, что надгробная плита Ф. Лефорта была обнаружена на месте дома Ломакина (позже – Щапова). Могилу тут же разрыли и нашли в гробу хорошо сохранившийся мундир, который тут же рассыпался в прах. Гроб перенесли на Лазаревское кладбище, а надгробие пошло под фундамент дома. Упоминание о гробе Лефорта встречается и у историка И. Снегирева, который писал, что в 1899 г. он находился «в погребе в доме Ямщикова у Госпитального деревянного моста в Лефортове».
По другой версии, Лефорт был погребен на Введенском кладбище, по третьей – труп царского фаворита таинственным образом исчез при переносе. Швейцарские биографы адмирала утверждают даже, что останки их знаменитого соотечественника спустя много лет после его смерти были перезахоронены в Петропавловском соборе Петербурга, поближе к могиле Петра Великого.
Недавно на Введенском кладбище в одной из восьми полуразрушенных часовен нашли надгробную плиту с полустертыми надписями на немецком и русском языках. Историки выдвинули предположение, что под ней покоятся останки легендарного сподвижника Петра I Франца Лефорта. Но это всего лишь предположение.
По словам директора Российского государственного архива древних актов Михаила Рыженкова, могилу Лефорта на Введенском кладбище ищут давно. Историки изучили все записи в архивной книге некрополя, но – никаких зацепок. На месте старого Лазаревского некрополя в Марьиной Роще стоят новостройки, поэтому обнаружить здесь какие-либо «следы» Лефорта просто нереально. Впрочем, если останки легендарного адмирала удастся обнаружить, то идентифицировать их будет невозможно, так как в России не осталось потомков Лефорта.
Племянник Лефорта Петр хотел поставить памятник на могиле своего дяди. Такая же мысль была и у Петра, который хотел поручить это итальянским мастерам и даже отправлял в Рим рисунки для воплощения их в мраморе. Эти намерения, к сожалению, реализовать не удалось. Данью памяти первому русскому адмиралу стала закладка Адмиралтейством 18 ноября 1833 г. 84-пушечного корабля «Лефорт».
Память о сподвижнике Петра жива и сегодня. В Москве есть район Лефортово, правда, в наши дни он приобрел печальную известность из-за построенной там Лефортовской тюрьмы для государственных преступников,