Так, в розыгрыше Кубка России на стадии 1/256 финала в сезоне 1996—1997 гг. динамовцы были разгромлены «Амкаром» со счетом – 0:6 (четырежды динамовцев огорчил форвард «Амкара» Константин Парамонов), а в сезоне 1998—1999 гг. на этой же стадии со счетом – 0:4. Во втором дивизионе в 1998 г. последовали еще два поражения – 2:5 и 0:2.
Зато сезоны 1996 и 1997 гг. можно занести в актив «Динамо» в выступлениях третьей лиги. В 1996 г. подготовка к сезону у динамовской команды началась еще 1 декабря, как обычно, по местной программе. Затем был двухнедельный выезд в Турцию, где пермякам очень повезло и с погодой, и с сильными спаррингами. Ну, а в заключении динамовцы съездили на три недели в Анапу.
В том сезоне пермяки заняли 4-е место из 13 команд (стоит отметить крупные победы со счетом 5:0 в гостях у дублеров тюменского «Динамо-Газовик», и дома у дублеров свердловского «Уралмаша»). Лучшим бомбардиром третьей лиги 6-й зоны стал пермский динамовец Константин Ильиных, в 21 игре забив 13 голов. В матче с «Горняком» из Кушвы (4:2) он отличился хет-триком, а еще в четырех матчах чемпионата сделал «дубль» (два забитых гола в поединках с дублерами свердловского «Уралмаша» и «КамАЗа» из Набережных Челнов, а также качканарского «Горняка» и магнитогорского «Метизника»).
В 1996 г. динамовские болельщики имели еще один повод для радости, ведь после долгих скитаний их любимая команда наконец-то вновь вернулась на свой уютный стадион в центр города. Во многом благодаря заместителю руководителя пермского спортобщества «Динамо» Петру Кельману, и коллективу общества «Динамо», которые провели реконструкцию футбольного поля, отремонтировали раздевалки.
А в 1997 г. «Динамо» заняло 2-е место из 18 команд, тем самым завоевав путевку во второй дивизион. Это был лучший результат пермской команды за годы проведения в третьей лиге. Вот в каком составе выступало тогда «Динамо» в том сезоне: вратари – Алексей Майоров, Григорий Скузоватов, Алексей Пашин; защитники – Геннадий Богачев, Олег Головин, Александр Казымов, Александр Кощеев, Алексей Машков, Евгений Новиков, Эдуард Нургалеев, Александр Петухов, Вячеслав Смольников, Андрей Ступин; полузащитники – Алексей Вяткин, Максим Гуненков, Николай Ермаков, Вадим Кучин, Александр Лесников, Всеволод Нагаев, Дмитрий Новиков, Юрий Петров; нападающие – Константин Ильиных, Алексей Колотов, Дмитрий Умпелев, Павел Степин, Антон Торшин. Главным тренером команды был Виктор Архапчев, помогал ему Андрей Боглаевский.
1998 и 1999 гг. вышли для «Динамо» самыми удачными в его истории выступления в большом футболе, пермская команда каждый раз занимала 9-е место. Увы, 2002 г. стал последним для динамовского клуба в первенстве страны. Команда заняла последнее 15-е место, а поражение в гостях от челябинского «ЛУКОЙЛа» – 0:7 стало самым крупным в его новейшей истории.
Президентом пермского «Динамо» во все годы его новейшей истории был Андрей Тарасов.