Исполняющим обязанности начальника Иностранного отдела ОГПУ был назначен Станислав Адамович Мессинг.
Некоторое время опытный организатор разведки Трилиссер находился не у дел. Наконец, в феврале 1930 года его неожиданно вызвали в Кремль к Сталину. Обращаясь к чекисту, тот сказал:
– Товарищ Трилиссер, мы решили дать вам новое поручение. Необходимо усилить работу органов нашей Рабоче-крестьянской инспекции. Как вы знаете, мне далеко не безразлична эта работа. Вы, конечно, помните, что с марта 1919 года до апреля 1922 года наркомом РКИ был товарищ Сталин. Если не возражаете, то я сейчас расскажу вам, что именно необходимо там делать в первую очередь…
Трилиссер, конечно, не возражал и был назначен заместителем наркома РКИ.
В 1934 году на XVII съезде партии М. А. Трилиссер был избран членом Комиссии советского контроля при СНК СССР и ее уполномоченным по Дальнему Востоку.
В 1935 году он избирается членом Президиума и кандидатом в члены Секретариата Исполкома Коммунистического Интернационала (ИККИ), в котором работает под фамилией Москвин.
В Секретариате ИККИ аппарат Трилиссера курировал работу по линии компартий Латвии, Литвы, Финляндии, Эстонии и Польши. Он отвечал за деятельность спецслужб ИККИ и взаимодействие с органами НКВД, входил в комиссию Секретариата ИККИ по переводу в ВКП(б) членов зарубежных коммунистических партий. В Исполкоме Коминтерна Трилиссер проработал до 1938 года.
В ноябре 1938 года Сталину доложили список большой группы работников внешнеполитических ведомств, якобы связанных с подпольной террористической деятельностью, среди которых значилось и имя сотрудника Исполкома Коминтерна Меера Абрамовича Трилиссера. Прочитав список, Сталин синим карандашом поставил свою визу. 23 ноября 1938 года бывший руководитель советской внешней разведки Меер Трилиссер был арестован НКВД. В обвинительном заключении, в частности, указывалось:
«Работая в 1926 году начальником Иностранного отдела ОГПУ, Трилиссер вошел в состав антисоветской группы, существовавшей в ОГПУ СССР, и имел организационную связь с врагом народа Ягодой и другими.
В последующие годы, перейдя на работу в аппарат Коминтерна, Трилиссер установил организационную связь по антисоветской деятельности с Кнориным и Пятницким (ответственные сотрудники Исполкома Коминтерна. – Авт.) и по их заданиям насаждал в братских компартиях Греции, Польши, Эстонии, Латвии и других стран троцкистские, шпионские кадры и провокаторов».
1 февраля 1940 года Военная коллегия Верховного суда СССР признала Трилиссера виновным по всем пунктам предъявленного обвинения и приговорила к высшей мере наказания. На следующий день опытный революционер-подпольщик, разведчик и государственный деятель был расстрелян.
Немногим ранее был арестован, а затем расстрелян и генеральный комиссар государственной безопасности Генрих Ягода, против которого