В марте 1478 г. Иван III возвратился в Москву, благополучно завершив все дело. Но уже осенью 1479 г. ему дали знать, что многие новгородцы пересылаются с Казимиром Польским, зовут его к себе, и король обещает явиться с полками, причем сносится с Ахматом, ханом Большой Орды, и зовет его на Москву. К заговору оказались причастны братья Ивана. Положение было нешуточным и, вопреки своему обычаю, Иван стал действовать быстро и решительно. Он утаил свое настоящее намерение и пустил слух, будто идет на немцев, нападавших тогда на Псков, даже сын его не знал истинной цели похода. Новгородцы между тем, понадеявшись на помощь Казимира, прогнали великокняжеских наместников, возобновили вечевой порядок, избрали посадника и тысяцкого. Великий князь подошел к городу с Аристотелем Фиораванти, который поставил против Новгорода пушки: и начал обстрел города. Тем временем великокняжеская рать захватила посады, и Новгород очутился в осаде. В городе поднялась безладица. Многие сообразили, что нет надежды на защиту и поспешили заранее в стан великого князя. Руководители заговора, не в силах будучи обороняться, послали к Ивану просить «спаса», то есть грамоты на свободный проезд для переговоров. «Я вам спас, – сказал великий князь, – я спас невинным; я государь вам, отворите ворота, войду – никого невинного не оскорблю».
Новгородцы отворили ворота и сдались на полную волю победителя. На этот раз условия мира оказались намного тяжелее: москвичи казнили многих участников мятежа, более тысячи семей купеческих и детей боярских было выслано и поселено в Переславле, Владимире, Юрьеве, Муроме, Ростове, Костроме, Нижнем Новгороде. Через несколько дней после того московское войско погнало более семи тысяч семей из Новгорода в Московскую землю. Все недвижимое и движимое имущество переселенных сделалось достоянием великого князя. Немало сосланных умерли по дороге, так как их везли зимой, не давши собраться; оставшихся в живых расселили по разным посадам и городам: новгородским детям боярским давали поместья, а вместо них поселяли в Новгородскую землю москвичей.
Расправившись с Новгородом, Иван поспешил в Москву. Положение его оставалось очень затруднительным – со всех сторон приходили вести, что на Русь двигается хан Большой Орды. Фактически Русь была независима от Орды уже много лет, но формально последнее слово еще не было сказано. Русь крепла – Орда слабела, но продолжала оставаться грозной силой. В 1480 г. хан Ахмат, заслышав о восстании братьев великого князя и согласившись действовать заодно с Казимиром Литовским, выступил на московского князя. Получив весть о движении Ахмата, Иван выслал полки на Оку, а сам поехал в Коломну. Но хан, видя, что по Оке расставлены