Флотилия держалась более южной широты, чем да Гама, рассчитывая сразу миновать мыс Доброй Надежды. 12 мая моряки увидели комету с «очень длинным хвостом в сторону Аравии». Комета была видна на протяжении недели, что было воспринято как недобрый знак. Судьба настигла их двенадцать дней спустя. 24 мая экспедиция, подгоняемая устойчивым попутным ветром, вошла в южноатлантическую зону высокого давления. И вдруг ветер резко набрал силу. Неистовый шквал ударил сзади, застав людей врасплох. Четыре корабля мгновенно затонули со всем экипажем, и товарищи ничем не смогли им помочь. Среди погибших оказался и Бартоломеу Диаш. Случилось это близ мыса, который он первым обогнул двенадцать лет ранее.
Двадцать дней шторм гнал вперед остатки флота, не позволяя поднять паруса. Наконец семь потрепанных кораблей соединились близ Мозамбика 20 июня, а восьмой корабль под командованием Диогу Диаша, добравшись до Мадагаскара, не нашел там товарищей и вернулся в Лиссабон.
Прием, оказанный Кабралу на восточном побережье Африки, был немногим лучше прежнего, но султан Мозамбика, помня португальские пушки, позволил пополнить запасы воды и дал лоцманов, чтобы идти в Килву, крупный торговый порт по соседству. Местный правитель встретил чужаков без воодушевления. Подобно мусульманам Каликута, он не хотел, чтобы кто-то со стороны вторгался на его коммерческую территорию.
Момбасу они миновали без остановки. Якорь бросили только в Малинди, где взяли штурмана для перехода через Индийский океан и апельсинов – экипаж снова одолевала цинга.
Следующая остановка была на острове Анджедива, в четырех сотнях миль к северу от Каликута. Зная из инструкции, что Васко да Гама запасался здесь водой,