Возвышение Константинополя, конечно, оспаривалось Римом. Но в 451 г. на Халкедонском соборе, когда собрание 381 епископа признали II Вселенским собором, такое положение Константинополя было утверждено окончательно. Таким образом, Новый Рим поднялся на тот же уровень, что и старый, пусть даже последний и сохранил почетное первенство – все же его церковь была основана св. Петром. За старым и Новым Римом следовали Александрия, Антиохия и Иерусалим. Их епископы сидели в порядке старшинства по правую руку от императора и в том же порядки подписывали акты собора. К концу V в. Константинополь также приобрел известность как «Новый Иерусалим» – явный признак его претензии на высшую духовную власть.
Эти пять центров – Рим, Константинополь, Александрия, Антиохия и Иерусалим, каждый под руководством предстоятеля, который назывался патриархом или папой, – составляли пентархию, отвечавшую за поддержание правильной веры и церковной дисциплины во всей христианской вселенной (oikoumene). Постепенно они создали систему церковного управления, основанную на канонах, принятых Вселенскими соборами. Соперничество между Александрией и Константинополем усилило теологические разногласия на II и IV соборах, которые проходили в Эфесе в 431 г. и в Халкидоне в 451 г. Патриарх Константинополя Несторий (428–431) инициировал спор относительно роли Девы Марии, утверждая, что ее следует именовать матерью Христа – Христородицей (по-гречески Christotokos), а не Богородицей. Но на Эфесском соборе епископы решили, что термин «Богородица» – Theotokos – является правильным, и осудили Нестория за то, что тот подчеркивал человеческую природу Христа.
Это решение не помешало дальнейшим обсуждениям относительно двух элементов сущности Христа – человеческого и Божественного. Его двойственная природа всегда оставалась предметом повышенного внимания. Патриарх Кирилл Александрийский (412–444) усложнил теологию этого союза в личности Христа, использовав термин «ипостась» – hypostasis. Позднее этот ипостасный союз, «Воплощенное Слово Божье», стали смешивать с определениями Христа, который есть ousia и physis. Так появилась отдельная группа христиан – позднее их назвали монофизитами, от греческих терминов «один» (monos) и «природа» (physis). Но на IV Вселенском соборе, созванном в Халкедоне императором Маркианом и его супругой Пульхерией