В 1784 г. была построена соборная часовня во имя Успения Богородицы, в 1805—1808 гг. – надвратная Крестовоздвиженская часовня на мужской половине. В 1805 г. на женском дворе строились шесть каменных корпусов с моленными: Покровской, Всемилостивого Спаса, Преображенской (над вратами), Богоявленской (и преподобного Зотика) в больничных палатах, Успенской (и Иоанна Богослова, и Николы чудотворца) и Ильинской. В 1811 г. закончено строительство Крестовоздвиженской часовни на женском дворе. Кирпич для строительства предоставил Ковылин со своих заводов. Палаты были обнесены белой кирпичной стеной с башнями по углам. Для украшения моленных были использованы иконы только древлеписанные, дораскольные. В 1802 г. Ковылин через Министерство внутренних дел приобрел идущий на слом храм Сретения в Кремле (XVI в.) вместе со старинными иконами и убранством. Старинные иконы и утварь он скупал везде, где только они сохранились, в том числе и в новообрядческих монастырях и церквах.
И. А. Ковылиным и его помощниками был выработан «Устав Богаделенного дома на Преображенском кладбище», утвержденный властями 15 мая 1809 г. По этому Уставу преображенцы освобождались от опеки Духовной консистории, сами выбирали попечителей, были полностью автономны в своей внутренней жизни. В течение 37 лет Преображенское кладбище числилось как частная собственность И. А. Ковылина. Он оберегал его, постоянно раздавая «подарки» различным мелким чинам, покупая их лояльность. Законодательство Екатерины II и Павла I не знало юридического понятия старообрядческой общины. Старообрядцам – как отдельным лицам, так и целым обществам – вменялось в обязанность лишь соблюдение общих законов и правил общего для всех благочиния. Это отдавало их в полную власть низших чиновников, которые внимательно следили за старообрядцами, истолковывая всякую мелочь как нарушение общего благочиния. Любая мелочь могла привести к разрушению кладбища. Однажды И. А. Ковылин не дал обычного подношения какому-то мелкому чину. Последовал донос