Фактически каждому особому отделу границы придавался штаб дивизии, бригады или полка ВНУС, чей командир в оперативном отношении выполнял все требования начальника особого отдела по охране границы, а по всем остальным вопросам подчинялся непосредственно командующему войсками ВНУС. Необходимое количество личного состава для застав, караулов и постов пограничной охраны выделялось также командующим ВНУС. Этот личный состав переходил в полное оперативное подчинение особых органов по охране границ и через своих командиров получал оперативные задания ОО ВЧК и его органов на местах. Однако начальникам особых отделов и уполномоченным ими лицам предоставлялось право проверки несения службы войсками ВНУС.
Таким образом, руководство охраной границы начальником ОО охраны границы осуществлялось через особые отделы участков и районов, а управление войсками ВНУС – через начальника войск ВНУС соответствуеющей границы и его штаб.
30 ноября 1920 г. Нарком внешторга и начальник ОО ВЧК был издан совместный приказ об изменениях в организации охраны границы – о передаче всех войск, осуществлявших охрану границ, в ведение ВНУС.65 Этот приказ и Постановление СТО от 24 ноября были объявлены для руководства и исполнения частям ВНУС, выделенным для охраны границ, приказом командующего войсками ВНУС от 29 декабря 1920 г. №339с.66
Численность войск для пограничной охраны определялась взаимным соглашением ОО ВЧК по охране границ, таможенного управления Наркомвнешторга и командующего войсками ВНУС, причем войска военного ведомства, состоявшие на обслуживании пограничного надзора Наркомвнешторга, передавались в распоряжение командующего войсками ВНУС. Постановление предусматривало, что «военное ведомство при разработке дислокации своих войск обязуется учитывать интересы Особого отдела по охране границ и Наркомвнешторга».67
Таким образом, оперативные и войсковые функции охраны границ оставались разделенными между двумя силовыми ведомствами, а в ведении созданного в июле 1920 г. Центрального управления пограничного надзора Наркомвнешторга остался таможенный надзор за экспортом, импортом и провозом багажа пассажиров через границу, который регламентировался утвержденным 29 апреля 1920 г. заместителем Наркома внешторга Порядком пропуска следующих через границу лиц и досмотра принадлежащих им вещей, и перечнем льгот, предоставленных разным лицам и учреждениям постановлением СТО от 14 мая 1920 г. о борьбе с контрабандной торговлей и постановлением СНК от 20 июля 1920 г., изданного в дополнение и развитие Декрета СНК от 16 апреля