Выручило то, что еще в 1949 году Юрий Георгиевич поступил в экстернатуру исторического факультета Ленинградского государственного университета, который закончил в 1954 году. С иронией Алексеев говорил о том, что всю жизнь он страдал «двоелюбием» – «любил флот, но любил и музу Клио; двоелюбие позволило мне после того, как я уволился со службы, стать каким-никаким, но все-таки профессиональным историком»[10]. «Главным человеком» в научной жизни Ю. Г. Алексеева, по его собственным словам[11], стал его учитель – выдающийся историк Иван Иванович Смирнов, один из ярчайших наряду с Борисом Александровичем Романовым представителей ленинградской исторической науки того времени[12].
Так уж получилось, что найти в университете научного руководителя Юрию Георгиевичу удалось не сразу; по определенным причинам С. Н. Валк и Б. А. Романов отказались стать кураторами Алексеева. И. И. Смирнов стал не просто научным руководителем, но и учителем Ю. Г. Алексеева. «Если бы не он, – вспоминал Юрий Георгиевич, – я бы торговал спичками на Апраксином рынке. На черта я кому нужен был? В аспирантуру взял меня… мой Иван Иванович»[13]. «Благодаря ему, – говорил Алексеев, – я стал историком; без него, не при дамах будет сказано, я был бы журналистом. Царствие ему небесное. Он был замечательный человек»[14]. «Смирнов – самый замечательный и интересный человек, которого я встречал в своей жизни. 15 лет – от нашего знакомства, моих первых шагов в истории и вплоть до подписания в печать моей первой книги – он был моим учителем», – говорил Ю. Г. Алексеев незадолго до смерти[15].
С 1960 года Юрий Георгиевич работает в знаменитом ЛОИИ – Ленинградском отделении Института истории АН СССР в феодальном секторе, где и проработал до начала 1990-х годов. На это время приходится расцвет ЛОИИ – здесь в это время трудятся молодые еще тогда будущие академики Б. В. Ананьич и А. А. Фурсенко, член-корреспондент Р. Ш. Ганелин, такие выдающиеся исследователи, как В. М. Панеях, А. Н. Цамутали, Н. Е. Носов, М. Б. Свердлов и многие другие. ЛОИИ стало олицетворением традиций преемственности между еще дореволюционной (стараниями Б. А. Романова, ученики которого стали костяком двух отделов института – «феодалов» (В. М. Панеях) и «империалистов», или, по словам Алексеева, «виттеранов» (Р. Ш. Ганелин, Б. В. Ананьич) ленинградской, а затем и выросшей из нее корнями уже петербургской историческими школами. На время работы в ЛОИИ пришлись годы и творческого расцвета Ю. Г. Алексеева – здесь он защитил кандидатскую (1963 г.), а затем и докторскую (1980 г.) диссертации.
В 1992 году Юрий Георгиевич перешел на работу на родной истфак уже Санкт-Петербургского университета, где и продолжал работу до последнего дня своей жизни. За без малого 60 лет