Для организации медицинской помощи в 1581 г. была создана Аптекарская палата, а с 1620 г. медицинская помощь сосредоточилась в Аптекарском приказе. С этого периода начали издаваться законодательные акты: "О предосторожностях от скотского падежа" (1640 г.), "О мерах против распространения чумы и других болезней" (1670 г.). После вспышки эпидемии чумы (1654 г.) положено было начало учета умерших от эпидемии.
В XVII в. по указу Петра I вместо Аптекарского приказа создается Медицинская канцелярия (1716 г.), издается ряд указов по охране здоровья населения, вводится в церквах запись родившихся и умерших (1712 г.). Большое внимание Петр I уделял развитию войсковой санитарии и общему санитарному благополучию русской армии. Сам руководил проведением многих санитарных мероприятий, понимая их значение для сохранения здоровья; им было написано наставление о предохранении войск от болезней во время похода в Персию.
В 1737 г. в России впервые учреждается надзор за санитарным состоянием городов, а в 1741 г. выходит первый закон ("Регламент"), в котором регламентировались условия труда на суконных фабриках. С 1743 г. устанавливается обязательное оповещение Сената о случаях эпидемических заболеваний, вводится обязательный врачебный осмотр заболевших заразными болезнями, устройство карантина и принятие других санитарных мер. По инициативе военного врача Е. Т. Белопольского в русской армии был организован надзор за санитарным режимом в казармах, питанием солдат, качеством воды и пр. А. В. Суворов в специальном приказе (1794 г.) строго требовал поддержания этого порядка. Однако все эти меры носили разрозненный характер и далеко не всегда позволяли задержать рост эпидемических заболеваний.
Особую роль в развитии гигиены в России сыграл М. В. Ломоносов. По его инициативе в 1755 г. был открыт Московский университет, который объединял вокруг себя все русские прогрессивные силы той эпохи. М. В. Ломоносов в монографии "Первые основы металлургии или рудных дел" не только осветил вопросы организации труда и отдыха рудокопов, их рациональной одежды, удаления подземных вод, но и создал оригинальную теорию естественной вентиляции шахт.
По инициативе М. В. Ломоносова в 1765 г. был открыт при Московском университете медицинский факультет, что обосновывалось им потребностью "в достаточном количестве докторов и аптек
с лекарствами". В статье о построении плана медицинского факультета М. В. Ломоносов писал: "Медицинский класс или факультет управления имеет в рассуждении человеческого здоровья и жизни, в оном обучаются практической и теоретической медицине, химии, ботанике, анатомии и хирургии, из него должны выходить такие люди, которые как лекари и врачи согражданам своим помогать, о здоровье их попечение иметь и таким образом общему благу в бесчисленных случаях споспешествовать могут".
Идеи М. В. Ломоносова о значении и роли общественной гигиены оказали огромное влияние на деятельность первого профессора