Набожная Пульхерия спросила Афинаиду сохранила ли она девственность, и услышав положительный ответ, представила её императору. Афинаида произвела впечатление на императора, и он согласился с выбором сестры.
В этом году Аттик крестил Афинаиду, дочь философа Леонтия, и назвал её Евдокией.
Свадьба состоялась 7 июня 421 года.
К тому моменту, как Евдокия стала женой Феодосия, делами империи уже семь лет управляла его старшая сестра Пульхерия. Она в 16 лет дала обет безбрачия и за время своего «правления» превратила императорский дворец в подобие монастыря. В этом духе ею был воспитан Феодосий, и в эту аскетичную среду попала Евдокия, получившая в Афинах эллинское (языческое) воспитание и образование.
В конце 422 года Евдокия родила Феодосию дочь Евдоксию, ставшую позже женой императора Валентиниана III. Вскоре после рождения дочери 2 января 423 года Феодосий объявил Евдокию августой. Этим он уравнял её в достоинстве со своей сестрой Пульхерией и, как отмечают историки, с этого времени влияние Евдокии на Феодосия стало возрастать. Вскоре Евдокия родила вторую дочь, Флаккиллу умершую в 431 году.
Современники высоко отзываются о просвещённой императрице. Живший в одно время с ней церковный историк Сократ Схоластик заметил по поводу празднования византийской победы в 422 году над персами: «Да и сама супруга царя написала стихи героическим размером, потому что почиталась женщиной умной». Евдокия известна как талантливая поэтесса, сочинившая ряд произведений как на исторические, так и на религиозные темы.
Не без участия Евдокии в 425 году в Константинополе был открыт университет, в котором первенствующее место было отведено изучению греческой культуры и философии. В 428 году после появления несторианской ереси, Евдокия встала на сторону мужа, который симпатизировал Несторию и созвал Эфесский собор, не имея цели осудить его (Пульхерия же не разделяла взгляды брата и поддерживала Кирилла Александрийского). Несмотря на это, Собор осудил учение Нестория, с чем впоследствии согласился и Феодосий. Это был триумф Пульхерии, начинавшей было утрачивать свою роль в делах управления империей.
В 438 году Евдокия исполнила обет, что в случае супружества дочери она, подражая святой императрице Елене, совершит паломничество в Святую землю. В путешествии в Иерусалим она провела год. После торжественного шествия по всей Азии, где она в Антиохии, с высоты золотого престола, произнесла собственного сочинения речь в честь города, она прибыла в Иерусалим и была встречена Меланией Младшей, пользовавшейся незадолго перед тем её гостеприимством в Константинополе. В Иерусалиме она раздала