Вместе со своим супругом Нефертити правила Египтом около двадцати лет. От Эхнатона она родила шесть дочерей: Меритатон, то есть «возлюбленная Атоном», Макетатон, Анхесенпаатон, Нефернефруатон-ташерит, Нефернефрура, Сетепенра.
Счастье оборвалось внезапно. На двенадцатом году правления Эхнатона и Нефертити скончалась принцесса Макетатон. На стене усыпальницы, приготовленной в скалах для царской семьи, изображено отчаяние супругов. Вскоре скончалась и царица-мать Тиу. Отсутствие у царицы сына – наследника царского престола, могло сказаться на ухудшении взаимоотношений внутри царской семьи. Основной проблемой царственной четы стало отсутствие сына, который мог бы унаследовать престол. Дочери Нефертити не обеспечивали надежность продолжения династической смены власти. В своем почти маниакальном желании иметь сына Эхнатон вступает в браки даже со своими дочерьми. Судьба посмеялась над ним: старшая дочь, Меритатон родила собственному отцу еще одну дочь – Меритатон-младшую; одна из младших – Анхесенпаатон – еще одну дочь.
Смерть Макетатон, по-видимому, стала переломным моментом в жизни Нефертити. У нее появилась соперница. Конечно, у каждого египетского царя было множество жен, однако разница в статусе между «Великой царской супругой» и дамами из гарема была колоссальна. Именно с этого момента все внимание Эхнатона было сосредоточено на второстепенной супруге по имени Кийа. Кийа была матерью принцев Сменхкара и Тутанхатона, ставших мужьями старших дочерей Эхнатона и Нефертити.
Нефертити оказалась в опале и провела остаток дней в одном из второстепенных дворцов столицы. Одна из статуй, обнаруженных в мастерской скульптора Тутмеса показывает Нефертити на склоне лет. Перед нами то же лицо, все еще прекрасное, но время уже наложило на него свой отпечаток, оставив следы утомленности годами, усталости, даже надломленности. Идущая царица одета в облагающее платье, с сандалиями на ногах. Утратившая свежесть молодости фигура принадлежит уже не ослепительной красавице, а матери шести дочерей, которая многое видела и испытала в своей жизни.
Нефертити жила в загородном доме и воспитывала мальчика, предназначенного в мужья ее дочери – будущего фараона Тутанхамона. Эхнатон скончался на семнадцатом году правления. Ему унаследовал Сменхкара, муж Меритатон, а