Задачами Городского комитета обороны являлись: мобилизация всех сил и средств на помощь фронту, перевод предприятий на работу по обеспечению фронта, руководство МПВО, поддержание порядка в городе и т. д. В соответствии с требованиями Боевого устава морских сил (БУМС-37) ответственным за руководство обороной Главной базы являлся командующий флотом, т. е. вице-адмирал Ф.С. Октябрьский, но приказом командующего по флоту была введена должность заместителя командующего ЧФ по обороне главной базы. На эту должность был назначен бывший командующий Одесским оборонительным районом контр-адмирал Г.В. Жуков. Сам Ф.С. Октябрьский убыл на Кавказ для организации эвакуации флота. Таким образом, фактически за командующего остался Г.В. Жуков.
Одновременно в Севастополе существовала должность коменданта береговой обороны, который по действующим уставам являлся заместителем командующего ЧФ по обороне Главной базы (т. е. Севастополя). Занимал эту должность генерал-майор береговой службы П.А. Моргунов. Из-за введения новой должности и отсутствия конкретных указаний от командующего ЧФ, в начальный период обороны возник разнобой в действиях командования, у Cевастопольской обороны оказалось два командира.
В боевом отношении город для отражения десантов был разделен на два участка: Городской и Балаклавский. В свою очередь Городской участок делился на три сектора: 1-й сектор – Южная сторона, второй – Корабельная, третий – Северная. Третий сектор, поскольку он был слишком велик, делился на два подсектора. Бывший комендант береговой обороны Севастополя Моргунов П.А. так описывает деление на сектора:
«I сектор – юго-восточное направление: от Северной бухты по побережью через Херсонесский маяк – мыс Фиолент – г. Балаклава – восточное Балаклавское укрепление – д. Камары. Балаклавский боевой участок был подчинен коменданту I сектора. Граница со II сектором проходила от д. Камары по Балаклавскому шоссе на Севастополь. Комендантом 1 сектора был начальник школы БО и ПВО майор П.П. Дешевых; командиром Балаклавского участка – майор М.Н. Власов.
II сектор – восточное направление: д. Камары – д. Чоргунь – д. Шули – д. Черкез-Кермен; левая граница с III сектором проходила от Черкез-Кермена через гору Сахарная Головка к устью Черной речки в Инкерманской долине. Комендантом II сектора являлся командир Учебного отряда контр-адмирал Абрамов.
III сектор – северное и северо-восточное направление: д. Черкез-Кермен – д. Заланкой – д. Дуванкой – гора Азис-Оба – д. Аранчи – по возвышенности севернее р. Качи до родника Алтын-Баир и далее на запад до уреза моря, в 1,5 км севернее устья р. Кача. Командиром III сектора был командир местного стрелкового полка подполковник Н.А. Баранов.
III сектор делился на два подсектора. Командиром правого подсектора после ухода с 7-й бригадой морской пехоты полковника Е.И. Жидилова был назначен командир школы Учебного отряда полковник