Наказания за несанкционированные передвижения и прочие преступления были необычайно суровыми и (к большому удивлению европейских наблюдателей, но в полном соответствии с принципом коллективной ответственности, типичным для клановой системы) затрагивали не только самого виновного, но и всю его семью.
Существовало два типа наказаний: самые строгие варьировались от общественного порицания до тюремного заключения, публичной порки, экспатриации и смертной казни; к легким относились такие наказания, как нанесение татуировки, конфискация собственности и понижение в классе или ранге. Наказание варьировалось в соответствии с классовой принадлежностью и рангом преступника и сопровождалось различными ритуалами. Представители воинского сословия несли самую тяжелую ответственность перед законом за любое правонарушение, поскольку их проступок расценивался как прямое оскорбление той системы, представителями которой они являлись и которую должны были поддерживать.
При рассмотрении основных норм морали, принятых в феодальной Японии, становится очевидным, что вся концепция государства была основана на взаимоотношениях между начальником и подчиненным. Правительство Токугава в качестве официального морального кодекса приняло одну из интерпретаций конфуцианского учения, автором которой был сунский неоконфуцианец Чжу Си (1130–1200), особо подчеркивавший важность беспрекословного повиновения и преданности подчиненного своему начальнику. Его представление конфуцианских идей (суси-гаку или согаку) стало «теоретической основой феодального общества» (Goedertier, 273), и дошло даже до того, что официальным декретом было запрещено преподавание неортодоксальных учений в государственных школах.
Основными принципами суси-гаку являлись вертикальная иерархия и жесткий прагматизм в исполнении обязанностей, наложенных на человека теми, кто расположен выше его в этой иерархии. Данная интерпретация умалчивала о том, что высокое общественное положение может быть не только наследственной прерогативой, но и результатом высоких личных заслуг, и в ней также отсутствовала