Русские книжники XVI века видели в народе России «новый Израиль»: после того как «ветхий Израиль» утратил благодать, издревле почившую на нем, Русь обрела ее, став, таким образом, державой-центром-мира, средоточием святости. Москву тогда воспринимали в большей степени как «второй Иерусалим», а не третий Рим. И в художественной мысли той эпохи образ «второго Иерусалима» закрепился прочно. Русские паломники, совершавшие «хожения» на Святую землю, знали, как выглядит Храм Гроба Господня, какими древлехристианскими святынями наполнен Иерусалим, какие места в нем напоминают о пришествии Христа, касавшегося стопами его земли.
Здесь, на нашей земле, не раз сооружали нечто прямо ассоциирующееся с Иерусалимом – городом древних храмов и святых реликвий. Не случайно в середине XVII века под Москвой вырастет Новый Иерусалим. Эту идею холили и лелеяли в течение долгого времени, она и в предыдущем веке ощущалась как «родная» для интеллектуалов Старомосковской цивилизации. Именно она зашифрована в архитектурном облике Покровского собора что на рву. Ее же, соединив с образом «града небесного», воплотил в Спасо-Преображенском соборе умудренный книжным словом настоятель Филипп.
Главный храм обители наполнили всем необходимым для богослужения: «Иконами же украси и книгами, яко невесту, ризами же и паволоками 34 драгими, сосудами и подсвещники златоковаными и кадилы». И Новгорода Великого настоятель пригласил «доброписцев иконных» Гаврилу Старого, да Илью, да Краса. Собор с любовью украсили извне, а потом с такою же любовью украшали внутри…
В соборе, помимо главного престола во имя Преображения Господня, устроено было еще шесть: Архангела Михаила, преподобных Зосимы и Савваатия Соловецких, святого Иоанна Лествичника, святого Федор Стратилата, Двенадцати апостолов и Семидесяти апостолов. Сам игумен, зная, сколь многое потребуется для того, чтобы в каждом из семи престолов собора можно было служить Богу, сделал огромные пожертвования. Он положил в Соловецкую обитель вкладом икон на 65,5 рублей, Псалтирь, Ирмологий, украшенный золотописью, кое-что из утвари. Вероятно, на иконы, книги и прочее пошли доходы от земель, принадлежавших богатому роду Колычевых. Только