Некоторые российские историки, по существу, оправдывают эту варварскую казнь. По их разумению, «лжеучение» еретиков, суть не что иное, как «идеологическая диверсия», «опаснейшая угроза самому бытию Руси», и для устранения этой самой опасности все средства хороши. В этой связи вызывает интерес позиция Николая Карамзина, который хотя и признает, что «сия жестокость скорее может быть оправдана политикою, нежели Верою христианскою», тем не менее, оставляет последнее слово за Иваном III: «Если явный дерзостный соблазн угрожает церкви и государства, коего благо тесно связано с ее невредимостью: тогда не митрополит, не духовенство, но государь может справедливым образом казнить еретиков. Сия пристойность была соблюдена: их осудили, как сказано в летописях, по градскому закону». Историограф добавляет: «Великий князь решился быть строгим, опасаясь казаться излишне снисходительным в деле душевного спасения».
На самом деле, это решение претило великому князю, так долго и отчаянно сему противившемуся. С его стороны оно было вынужденной уступкой – ревнителям веры и примкнувшим к ним сыну Василию. Как точно сказал историк, «наконец, Иван III сдался». При этом государь тяжело переживал эту свою духовную капитуляцию. Иные исследователи говорят даже о резком переломе, произошедшем тогда в сознании Державного.
Характерно, что на смертном одре Иван Васильевич решил покаяться перед «жидовствующим» Дмитрием. За день до своей кончины, когда церковь праздновала память великомученика Дмитрия Солунского – небесного покровителя великокняжеского внука, он «приказал привести к себе Дмитрия и сказал: «Дорогой внук, я согрешил против Бога и тебя тем, что заточил тебя в темницу и лишил наследства. Поэтому я молю тебя о прощении. Иди и владей тем, что принадлежит тебе по праву». Государь получил от внука желанное прощение, что вызвало у присутствующих слезы умиления. Однако когда Дмитрий вышел, его, по приказу уже нового великого князя Василия, тут же схватили и бросили в тюрьму.
По мнению писательницы Алины Ребель, ересь жидовствующих стала одним из разрушительных факторов в отношениях между славянами и евреями, которые поплатились за безрассудство исторически недальновидных сектантов. Есть, однако, и полярно противоположные оценки: ересь будто бы имела важное просветительское значение для русской цивилизации и культуры. Исследователи Лев и Наталья Пушкаревы отмечают высокую интеллектуальность сектантов, способствующих русскому духовному возрождению. А корифей исторической мысли Сергей Платонов подчеркивал, что созданное еретиками настроение критики и скепсиса