«По воле Божией, в наказание наше, восточные патриархи и прочие святители только имя святителей носят, власти едва ли не всякой лишены; наша же страна благодатию Божией во многорасширение приходит, и поэтому я хочу, если Богу угодно, и писания Божественные не запрещают, устроить в Москве превысший престол патриарший», – сказал царь Феодор Иоаннович совместно боярской Думе и Освященному Собору. В этой речи смиренного и немногоречивого царя явно чувствуется государственная мысль и властность Бориса Годунова. Патриарху антиохийскому Иоакиму вместе с богатой милостыней было официально поручено поставить это предложение русского царя на обсуждение собора Греческой Церкви. Но дело продолжало тянуться. Восточные патриархи явно не хотели утверждать равного себе на Руси. Они обещали дать ответ через патриарха иерусалимского, но этого ответа в Москву не приходило.
Летом 1589 г. в Смоленске неожиданно появился старший из восточных патриархов Иеремий византийский в сопровождении митрополита мальвазийского и архиепископа эллассонского. Москва о его приезде заранее не была извещена и поэтому отнеслась к нему с предельной осторожностью: смоленский воевода получил выговор за то, что безвестно для царя впустил иноземного патриарха на русскую территорию. Одновременно ему, а вместе с тем и епископу смоленскому было предписано изолировать патриарха, в особенности от сношения его со всеми иноземцами, допуская его лишь в церковь при оказании ему должного почета. Те же меры предосторожности были применены к византийскому патриарху и в Москве, где его также поместили с большим почетом в доме рязанского владыки, но изолированного даже от приехавших с ним вместе греческих купцов. Царь принял его так, как принимал иностранных послов, без оказания особых почестей, после чего Годунов повел с ним длительные переговоры, большая часть которых осталась тайной. В результате этих переговоров было достигнуто согласие старшего из восточных патриархов на утверждение патриархата в Москве, но грек все же потребовал, чтобы всероссийский патриарший престол был предоставлен ему самому. Годунов, а под его влиянием и царь, приняли это требование, но с условием, чтобы патриарший престол находился во Владимире, а не в самой Москве, следовательно грек-патриарх отстранялся бы от фактического руководства Русскою Церковью, которую возглавлял тогда высокочтимый всею Русью митрополит Иов и также от возможности