Тогда он еще какое-то время мог находиться в Лавре, несмотря на погром «Троицкого слова». Троицкие листки уже больше не выпускались, журнал для богословов «Богословские труды» тоже прекращал существование. Все печатное дело большевики подмяли под себя – никакого печатного слова от лица Церкви уже существовать не могло. И архиепископ Никон, по сути, мог только совершать службу в лаврских храмах.
Существует небольшое воспоминание Василия Розанова о том, как выглядел в революционные Дни святитель Никон. В своих записках Василий Васильевич признается, что он всегда не любил Никона за его прямоту, за его совершенное отвержение космополитической русской интеллигенции, за разоблачение ее ложных идеалов (которых придерживался и сам Розанов, безусловно). А у людей просвещенных, которые просвещены Светом Христовым, не было вражды к владыке Никону, а вот у любого русского «размагниченного» интеллигента к нему была ненависть. И когда Розанов стоял на последней службе архиепископа Никона в Троицком соборе Лавры, он почувствовал: это какая же сила в нем – в этом слепом, невзрачном, невысоком человеке! И откуда такая гигантская, притягательная сила? Розанов сознается, что был не прав по отношению к нему: «Я называл его дуроломом, а это святой, великий человек! Ему не в чем упрекнуть себя!» Та к откровенно Розанов напишет о пробудившейся симпатии к Святителю.
Скончался архиепископ Никон в декабре 1918 года, по новому стилю это 12 января 1919 года. По одной из версий, владыка подвергся нападению революционной черни, был жестоко изуродован и убит. Это случилось за воротами Лавры. Будто бы его даже обезглавили. Версия устная, ее я слышал от людей, многие годы проживших в Сергиевом Посаде. Убийство было возможно, потому что Никона ненавидела вся большевистская верхушка круга Зиновьевых, Каменевых, Троцких Лениных. Весь сатанинский синклит врагов и мучителей России занимался истреблением защитников церковных и национальных интересов народа. Злодейски, на глазах у детей, расстреляли публициста