В августе 1922 года он вновь был арестован, на сей раз ему было инкриминировано, что он “с Октябрьского переворота до настоящего времени не примирился с существующей в России рабоче-крестьянской властью, а, наоборот, занимался антисоветской деятельностью”. По постановлению Коллегии ГПУ от 21 августа 1922 года, Фельдштейну надлежало в недельный срок закончить все дела и за собственный счёт выехать за границу. Однако он обратился с просьбой разрешить ему остаться в Москве, и распоряжением заместителя председателя ГПУ Иосифа Уншлихта высылка была отменена. По рассказам самого Фельдштейна, этому посодействовал весьма влиятельный тогда Николай Бухарин.
Человек широчайшей эрудиции, полиглот, Фельдштейн в 1922–1927 годах работает консультантом иностранного отдела ВСНХ, а с 1927 года – помощником редактора журналов “Советская торговля” и “Вопросы торговли”. Перевёл для издательства “Academia” сочинение Никколо Макиавелли “Государь”. Специалист по истории политических учений, он профессорствует в Институте народного хозяйства. Но в ноябре 1927 года – новый арест, на сей раз по обвинению в связи с сотрудниками иностранных миссий, правда, из-под стражи его через две недели освободили под подписку о невыезде. Однако следствие было продолжено и прекратилось лишь в 1932 году.
Страстный библиофил, он собрал уникальную книжную коллекцию по юриспруденции и истории философии, причём художник Людвиг Квятковский выполнил для него специальный экслибрис с изображением средневекового рыцаря в боевых доспехах. Свою карьеру Михаил завершил во Всесоюзной публичной библиотеке им. Ленина (ныне Российская государственная библиотека), где работал с 1932 года научным консультантом и главным библиотекарем. В июле 1938 года состоялся последний его арест. К прочим обвинениям в антисоветской деятельности прибавился шпионаж еврея Фельдштейна в пользу нацистской Германии, которую тот якобы вёл течение многих лет. Военной коллегией Верховного суда СССР от 20 февраля 1939 года он был приговорён к расстрелу, что и было приведено в исполнение в тот же день. В 1957 году за отсутствием состава преступления М.С. Фельдштейн был посмертно реабилитирован.
Он был женат дважды. Первая жена, Ева Адольфовна (урождённая Леви) (1886–1964), художница. В этом браке, распавшимся в 1918 году, родились две дочери, Татьяна и Елена.
Вторая супруга, Вера Яковлевна Эфрон (1888–1945), была родной сестрой Сергея Яковлевича Эфрона (1893–1941), мужа Марины Ивановны Цветаевой (1892–1941). В прошлом актриса Камерного театра (1915–1917), она в последние годы их совместной жизни также работала в Ленинской библиотеке и не знала о смерти мужа, приговор которому “ю лет без права переписки” поняла в буквальном смысле. Когда грянула Великая Отечественная, была эвакуирована в г. Уржум и преподавала иностранный язык в местной школе, а затем её перевели в деревню Шиншерь Шевнинского сельсовета Уржумского района, где она заведовала библиотекой, а заодно