На другой день поползли слухи, будто по Зимнему стреляли боевыми снарядами. Для их опровержения в газете «Правда» от 27 октября года была опубликована заметка: «Команда крейсера “Аврора”» выражает протест по поводу брошенных обвинений, тем более обвинений не проверенных, но бросающих пятно позора на команду крейсера. Мы заявляем, что пришли не громить Зимний дворец, не убивать мирных жителей, а защищать и, если нужно, умереть за свободу и революцию от контрреволюционеров. Печать пишет, что «Аврора» открыла огонь по Зимнему дворцу, но знают ли господа репортеры, что открытый нами огонь из пушек не оставил бы камня на камне не только от Зимнего дворца, но и от прилегающих к нему улиц? К вам обращаемся, рабочие и солдаты г. Петрограда! Не верьте провокационным слухам. Что же касается выстрелов с крейсера, то был произведен только один холостой выстрел из 6-дюймового орудия, обозначающий сигнал для всех судов, стоящих на Неве, и призывающий их к бдительности и готовности. Председатель судкома А. Белышев. Секретарь С. Захаров»
Стрелять боевыми «Аврора» не могла еще и по той простой причине, что на ней не было боезапаса. Его сняли с корабля во время ремонта.
С началом Великой Отечественной войны корабль, находившийся в Ораниенбауме, включили в систему противовоздушной обороны Кронштадта. С «Авроры» на фронт уходили краснофлотцы, с крейсера снимали вооружение. В июле 1941 года была сформирована располагавшаяся в районе Дудергофа батарея «А» – «Аврора», в состав которой вошли девять снятых с крейсера орудий.
В сентябре, в течение недели, батарея вела бой с немецкими танками, сражаясь в полном окружении до последнего снаряда. К исходу восьмого дня боев из 165 человек личного состава к своим вышли только 26 моряков.
Немецкая авиация начала подвергать «Аврору» беспощадным налетам, стремясь уничтожить памятник революции. Видя бессмысленность дальнейшего пребывания экипажа на борту неподвижного судна, капитан Иван Саков разместил моряков на берегу, оставив на «Авроре» постоянную вахту. За это он был арестован и вскоре расстрелян по обвинению в паникерстве и бегстве с корабля.
В конце ноября экипаж все-таки опять перевели на берег. Вахту несли у единственного боеспособного зенитного орудия и у флага. Видя этот флаг, развевающийся над севшим на грунт крейсером, немецкие батареи, время от времени, открывали по нему огонь. В августе 1943 года осколком снаряда флаг был сбит, но его немедленно подняли из воды. Обстрелы «Авроры» прекратились лишь со снятием блокады Ленинграда.
В августе 1944 года исполком Ленсовета принял постановление, согласно которому «Аврору» надлежало установить у Петроградской набережной в качестве музея-памятника истории флота и учебного блокшива Нахимовского военно-морского училища. Созданный на крейсере музей в 1956 году расширили и сделали филиалом Центрального военно-морского музея.
К концу семидесятых