Tämä sorto ei suinkaan; vähentynyt, kuninkaan otettua hallituksen ohjat käsiinsä. Hartauskokouksia ruvettiin pitämään silmällä ja vainoamaan. Mutta siitä huolimatta pidettiin kaikkialla uskonnollisia yksityiskokouksia, usein öiseenkin aikaan ja syrjäisissä seuduin. Bunyankaan ei lakannut julistamasta evankeliumia Bedfordin läheisyydessä. Varovainen piti kumminkin olla, ja joskus täytyi hänen valepuvussakin vaeltaa toimituspaikkaansa.
Jonkin aikaa sai Bunyan ystävineen vältetyksi polisin vaanimiset. Seurakunta kokoontui salaisesti milloin kaukaisilla seuduilla, milloin ladoissa, milloin navetoissa. Hän itse ei laiminlyönyt tilaisuutta, lohduttaakseen ystäviänsä ja kehoittaakseen heitä kestävyyteen ja Jumalaan luottamaan. Mutta vihdoin muuan kurja raukka ilmaisi hänet polisille, ja hän vangittiin 12 p. marraskuuta 1660.
Häntä vaadittiin nyt lupaamaan, ett'ei enää milloinkaan saarnaa. Tällainen lupaus olisi hänet pelastanut, mutta silloin hän myös olisi tehnyt sisintä vakuutustansa vastaan, ja niinpä hän, puhdas ilo sydämessään, astui vankihuoneesen.
Syytöskirjassa häntä vastaan sanotaan, että hän on "pirullisesti ja turmiota tuottavalla tavalla kieltänyt käymästä kirkossa jumalanpalveluksissa ja pitänyt luvattomia kokouksia kaikkien hyväin alamaisten kiusaukseksi ja hävitykseksi." Muutaman viikon perästä koetettiin Oikeuden edessä saada häneltä saarnaamisesta luopumisen lupausta, mutta turhaan. "Kuule sitten tuomiosi", sanoi vihdoin hänelle tuomari, tyly ja raaka mies, "sinut viedään takaisin vankihuoneesen, ja elles kolmen kuukauden kuluessa ole suostunut käymään piispallisen (s.o. valtio-)kirkon jumalanpalveluksissa ja luopumaan saarnaamisesta, niin sinut ajetaan maanpakoon, ja jos sinut senjälkeen tavataan maassa ilman kuninkaan erityistä lupaa, niin tuomitaan sinut kuolemaan." Tähän vastasi Bunyan: "Minulla ei ole mitään enempää sanomista, mutta jos minut tänään päästetään vankeudesta, niin huomenna minä Jumalan avulla jälleen julistan evankeliumia."
Kolmen kuukauden perästä hän ei peruuttanut mitään. Hänen maapako-tuomionsa siirtyi kumminkin tuonnemmaksi sen kautta, että kuninkaan kruunauksessa oli luvattu ottaa tutkittaviksi armon-anomuksia, joita kahdentoista kuukauden kuluessa tehdään.
Noin vuotta ennen vangitsemistansa oli Bunyan mennyt toisiin naimisiin. Milloinka hänen ensimmäinen vaimonsa kuoli, siitä ei ole tietoa. Tämä hänen toinen vaimonsa, Elisabet, oli yleväsydäminen nainen, arvokas aviokumppali moiselle miehelle ja hellä äiti hänen viidelle lapsellensa ensimmäisestä naimisesta, kolmelle tyttärelle ja kahdelle pojalle. Yhtä pelvoton hän oli kuin Bunyankin pitämään kiinni siitä, mikä oikeata on. Hän otti ajaakseen miehensä asiaa, matkusti Lontoosen ja astui rohkeasti Lordien Huoneeseen. Häntä kohdeltiin siellä ystävällisesti, mutta suuria toiveita hän ei saanut. Tuosta masentumatta, tämä uljas vaimo, jury-oikeuden kokoonnuttua Bedfordiin, antoi kolme kertaa anomuksen, että hänen miestänsä kuulusteltaisiin ja tutkittaisiin laillisen tuomio-istuimen edessä. Lempein sanoin siellä tuomarit selittivät olevansa pahoillaan, ett'eivät saata tässä asiassa mitään auttaa, koskapa Bunyanin omat sanat oli katsottava syyn tunnustamiseksi. Häntä neuvottiin kääntymään suorastaan kuninkaan puoleen. Siitä ei kumminkaan tullut mitään, joko varojen puutteessa tahi, niinkuin yksi Bunyanin elämäkerran kirjoittajista sanoo, siitä syystä, että Bunyan "katsoen velvollisuudekseen saarnata vastoin kieltoakin, oli tehnyt asiansa pahemmaksi kuin se oikeastaan olikaan."
Saarnaamiseen ei häneltä kumminkaan puuttunut tilaisuutta. Hän julisti sanaa vankeustovereillensa. Väliin oli häntä kuulemassa kuusikinkymmentä vankia, jotka oli omantunnon tähden vankeuteen heitetty. Olipa ulkopuolellakin kansaa kuulemassa hänen valtavaa puhettansa, joka oli niin täynnä uskoa ja luottamusta. Usein tuli muualtakin ihmisiä hakemaan häneltä lohdutusta ja neuvoa. Ja niinpä monikin murheellinen ja ahdistettu sydän löysi hänessä uskollisen ja hellän ystävän.
Hänen vankeutensa ei ollut niin sietämätön kuin muutamat väittävät. Hän sai vapaasti tehdä punoustöitänsä, ja hän sai kirjoitella ehdoltansa. Vanginvartijoista ainakin yksi piti arvossa ylevätä vankiansa ja myönsi hänelle viljalti vapautta. Vankeutensa loppuaikoina hän pääsi saarnaamaan läheisissä kylissä ja metsissä. Sallittiinpa hänen kerran pistäytyä Lontoossakin ystäviänsä tervehtimässä. Tämän viimeksi mainitun asian tähden oli hänen vartijansa vähällä menettää virkansa, ja Bunyanin vartioiminen tehtiin ankarammaksi. Vähitellen tämä ankaruus lieveni, ja kerrotaanpa, että Bunyanin yölliset saarnat antoivat aihetta varsin monen baptisti-seurakunnan perustamiseen.
Seuraavana vuonna 1662 istui jury-oikeus jälleen Bedfordissa, mutta paikkakunnan viran-omaisten vaikutuksesta häntä ei nytkään päästetty puolustamaan itseänsä. Ja näin sulkeutui vankihuoneen ovi hänen perässänsä, ja hän pysyi siellä kuin pysyikin, pientä väliaikaa lukematta, yhtämittaa kaksitoista vuotta, kunnes hän kokonaan vapautettiin salaisen neuvoskunnan (Privy Council'in) käskystä 17 p. toukokuuta 1672.
Vankeudessa häneltä valmistui Kristityn Vaelluksen ensimmäinen osa. Teoksellensa on hän itse kirjoittanut runopukuisen apologian eli puolustuksen. Runollisessa katsannossa se tosin on peräti heikko, niinkuin Bunyanin kaikki muutkin runot, mutta kirjallishistoriallisena todistuskappaleena se ei ole arvoa vailla, siitä kun ilmenee, mitä hän tästä teoksestansa itse ensi alussa arveli. Hän pelkäsi, että raamatun totuuksien esittämistä vertauskuvaisen kertomuksen muodossa pidettäisiin liian kevyenä, liian jokapäiväisenä. Hän epäili, tokko moisen kertomuksen kirjoittaminen lainkaan on soveliasta evankeliumin saarnaajalle. Siksipä hän piti sitä laatikossaan kokonaista kuusi vuotta sen valmistumisen jälkeen, kunnes se vihdoin julaistiin painosta v. 1678. Samana vuonna ilmestyi toinenkin painos, johon tekijä oli lisännyt Maailmanviisaan, Sivutien ja hänen ystävänsä ja muutamia muita huomattavimpia henkilöitä. Kirja tuli kerrassaan populaariseksi. Painoksia ilmestyi sittemmin ilmestymistään, ja menekki oli vallan erinomainen.
Jo ennenkin oli häneltä ilmestynyt teoksia. Ensimmäinen niistä oli: "Evankeliumin totuuksia raamattujen mukaan", jossa hän armotta ruoskitsee harhaoppeja (1656). Sitä seurasi "Evankeliumin totuuksien puolustus", jonka hän kirjoitti kväkareita vastaan (1657). Seuraavana vuonna ilmestyi "Muutamia huokauksia helvetistä" ja senjälkeisenä "Mitä laki ja evankeliumi opettavat". Molempain viimeksi mainittujen tekijäksi on merkitty "köyhä ja viheliäinen olento, John Bunyan Bedfordilainen". Kaikki nämä ilmestyivät ennen hänen vankeuttansa. Vankeudessa ollessaan ja siitä päästyänsä hän kirjoitteli ahkeraan hartauskirjoja, mietelmiä, väittelyjä ja runoja, joita hän ainakin itse piti runoina. Näitten luku nousee yhteensä kuuteenkymmeneen. Tämän kirjoituksen alussa mainittu teos "Ylitsevuotava armo" tuli painosta 1666. Sittenkuin Kristityn Vaelluksen ensimmäinen osa, niinkuin jo sanottu, oli nähnyt päivänvalon v. 1678, ilmestyi v. 1682 "Pyhä Sota", tekijän paras teos edellisen jälkeen, ja kaksi vuotta myöhemmin Kristityn Vaelluksen toinen osa, "Kristityn lesken vaellus", joka, suurella taidolla kirjoitettu sekin, ei läheskään ole ensimmäisen veroinen.
"Kristityn Vaelluksen" omintakeisuudesta ei saata olla pienintäkään epäilystä. Kaikki yritykset, joitten tarkoituksena on ollut riistää Bunyanilta hänen piirrostensa, itsenäinen suunnittelu ja muovailu tai syyttää häntä salaisesta jäljittelemisestä, ovat rauenneet omaan mitättömyyteensä ja todistavat vaan arvostelukyvyn puutetta yrityksen tekijöissä. Tosin oli vertauskuvissa kirjoitettu ennen Bunyaniakin. Mutta jospa otaksuisikin, että kiertävä kattilanpaikkaaja olisi saanut käsiinsä näitä kirjoja, joista muutamia ei ollut kuin Franskassa ja Hollannissa, niin on niitten ja hänen kuolemattoman allegoriansa välillä niin vähän yhtäläisyyttä. ett'ei huomaa jäljittelemisen merkkiäkään. Silmäänpistäviä yhdennäköisyyksiä kohtaa kyllä "Kristityn Vaelluksessa" ja Spenserin "Keijukaisten kuningattaressa", mutta niinkin nerokas kritikoitsija kuin lord Macaulay, sanoo, että "epäilykset siinäkin suhteessa hälvenevät kokonaan, kun tarkemmin vertaa vastaavia kohtia toisiinsa." Sama arvostelija sanoo myös sattuvasti: "Bunyan ei aavistanutkaan, millaisen mestariteoksen hän oli luonut. Hän ei osannut arvata, kuinka huomattava sija hänen allegoriallaan oli oleva englantilaisessa kirjallisuudessa,