Таким образом, Екатерина II полностью отменила все начинания Петра I по горной части.
Однако реальности были сильнее. Порядок ведения дел в Казенных Палатах оказался неудобен для горной части. И в 1786 г. и в последующие годы вышли указы по Олонецкой Казенной Палате, а затем по Пермской, Вятской и Уфимской, где было сказано: «…дабы образом обыкновенного канцелярского письмоводства не затруднить успех производства по горной части и заводам, позволяем Горным экспедициям не участвовать в делах Казенной Палаты, свои же производить по собственным в Экспедиции учиненным приговорам, с ведения и согласия вице-губернатора».
Однако не способствовала развитию горного дела вся принятая система управления. Ни генерал-губернатор, ни губернатор, ни вице-губернатор «не знали заводского дела, потому что им ранее не занимались. Заводская служба требует знания, опытности и сопряжена с лишениями и ответственностью, а между тем вознаграждение было меньше, чем в гражданской службе. Лучшие горные офицеры, находившиеся на заводах, стали их оставлять, так как, по открытии губерний, гражданская служба сделалась более привлекательной… Вообще, люди, знающие горное дело, почти все оставили заводы; на места же управителей начали определять… людей без знаний, без воспитания и без опытности».
В своем повествовании А. М. Лоранский приходит к выводу, что во время управления Казенных Палат горное дело пришло в упадок не только на Урале, но и в Сибири, и уже в период царствования Екатерины II начали обсуждаться различные меры по его улучшению.
Вскоре по вступлении на престол Павла I Берг-Коллегия была восстановлена и подчинена Сенату указом от 19.11.1796 г.: «…и для сего повелеваем Сенату…поелику пребывание сих Коллегий долженствует находиться здесь в Петербурге, то действие их открыть ему под своим руководством».
С выходом данного указа все Экспедиции для горных дел были упразднены, а Нерчинские заводы вместе со всеми остальными также были переданы в ведение Берг-Коллегии.
Восстановленную Берг-Коллегию возглавил на посту президента Андрей Андреевич Нартов. В то же время наблюдение за Берг-Коллегией по части горных заводов и промыслов было поручено М. Ф. Соймонову, который был назначен императором Павлом присутствующим в 1-м Департаменте Сената и членом Императорского Совета. Кроме того, Соймонов вновь был определен и Главным командиром Горного училища.
Нартов, как и большинство предшествующих президентов Берг-Коллегии, начинал службой в артиллерии, затем поступил в Берг-Коллегию, вначале членом, затем служил на посту вице-президента. Славился сочинительством. Написал «Медаллистическую историю» со времен Петра, историю Екатерины II, Петра I, Анны Иоанновны и Елизаветы Петровны. Нартов был первым секретарем Императорского Вольного Экономического Общества, состоял президентом Императорской Российской академии и членом Императорской академии наук. «Вообще А. А. Нартов считался одним из просвещеннейших людей своего времени: