Именно в РГАДА (ф. 17, Госархив, коллекция «Наука, литература и искусство», on. 1, а также ф. 359, «Дела Московского университета») хранится в настоящее время основное количество дел, относящихся к истории Московского университета за вторую половину XVIII в., что отчасти позволяет компенсировать утрату его собственного архива, как известно, сгоревшего в 1812 г. Ряд таких дел важен для анализа связей Московского университета с Европой и, в особенности, пребывания в нем немецких профессоров. Среди них – доклады и распоряжения куратора Московского университета И. И. Шувалова (ф. 17, ед. хр. 38), дела о рассмотрении императрицей Екатериной II проекта Устава Московского университета, составленного его немецкими профессорами (ф. 17, ед. хр. 39), об увольнении из университета и последующем восстановлении на службе по указу Екатерины II профессора Ф. Г. Дильтея (ф. 17, ед. хр. 42), о пререканиях директора M. М. Хераскова с профессором И. Г. Рейхелем (ф. 17, ед. хр. 45), контракты профессоров (ф. 359, ед. хр. 5, а также ф. 248, 3-й департамент Сената, on. 1, ед. хр. 5477). Особую важность для характеристики состояния дел в Московском университете конца XVIII в. имеет находящееся в фонде Тайной экспедиции дело «О бывшем Московского университета профессоре Мельмане, преподававшем ученикам атеизм, уволенном от службы и высланном из России за богохульные мнения» (ф. 7, on. 1, ед. хр. 2858), которое рассказывает о столкновении представителя немецкой академической среды с российскими властями, закончившемся трагическим исходом.
При пожаре 1812 г. из архива Московского университета удалось все-таки спасти пятнадцать шнуровых книг, содержащих протоколы Конференции Московского университета и копии ордеров кураторов за 1756–1770 и 1786 гг. Сейчас они хранятся в Отделе редких книг и рукописей Научной библиотеки МГУ[108] и в 1960—63 гг. были опубликованы.[109] Этот источник дает обширный материал для анализа адаптации идеи европейского университета на русской почве, отражая взгляды профессоров, большинство из которых в указанные годы прибыли из Германии и остро чувствовали различия в организации университетов там и в Москве, в то же время способствуя переносу в Россию определенных европейских институтов и традиций. Кроме того, в ОРК НБ МГУ были найдены и еще несколько делопроизводственных документов конца XVIII в., дополняющих протоколы прежних лет[110].
Фонд Комиссии об учреждении народных училищ находится в РГИА (ф. 730) и содержит документы за 1783–1803 гг., преимущественно о разработке планов и учреждении начальных и средних школ в ряде губернских городов России. Для анализа подготовки университетской реформы интерес представляет лишь одно дело «О сочинении плана университетов и гимназий и разработке Устава народных