А 20 октября 1919 года Малый Совнарком на своем заседании рассмотрел «заявление члена Малого СНК Я.Агранова о разрешении ему совмещать работу в Малом Совнаркоме и в Особом отделе ВЧК». Протокол № 346 с разрешающей формулировкой подписал Ленин. Так Агранов стал особоуполномоченным ВЧК по важным делам. Существует точка зрения, будто Сталин хотел иметь «своего» человека в Чрезвычайной комиссии. Подтверждающих свидетельств этому нет. Но ясно и другое: преданных советской власти и в то же время дельных людей тогда очень не хватало. Агранов же был из преданных и дельных. И в ВЧК он занимался делами, принципиальными для власти: дело «Национального центра», дело «Тактического центра», дело «Петроградской боевой организации». Уже тогда его положение, и секретаря Совнаркома и уполномоченного ЧК, заставляло подходить к расследуемым делам не столько полицейски, сколько политически.
Дело Мельгунова он помнил очень хорошо. Да и сам Мельгунов не позволял о себе забывать. После отъезда из России с разрешения ОГПУ, преемника ВЧК, он обосновался в Берлине и включился в новую борьбу с Советами, теперь уже не в качестве агента, а историка-публициста. Впрочем, где грань?
Его главный труд «Красный террор» весомо продолжил традиции обличительной пропагандистской литературы начала двадцатого века. Но за это сочинение его на сей раз лишили российского гражданства. Как говорил Мельгунов, эта книга о большевистском терроре, пролившем море крови, о системе насилия и эксцессах в Гражданскую войну. Он написал ее за полгода, сжигаемый ненавистью к большевикам.
Откуда факты, материалы, источники? Их было три вида. То, что привез с собой, уезжая из Москвы, – вырезки из советских газет, выписки, личные впечатления; то, чем мог воспользоваться на Западе, в основном эмигрантская пресса, литература, письма и впечатления бежавших из России и, наконец, материалы особой комиссии по расследованию деяний большевиков, образованной в декабре 1918 года при правительстве генерала Деникина. Эти материалы вывезли из России в марте 1920 года под крылом отступавшей белой армии. Понимая всю шаткость используемых источников (не забылись уроки профессора Любавского), Мельгунов вынуждено заметил во введении к книге: «Оглядывая всю совокупность материала, легшего в основу моей работы, я должен, быть может, еще раз подчеркнуть, что в наши дни он не может быть подвергнут строгому критическому анализу – нет данных, нет возможности проверить во всем его достоверность».
Ограниченность и сомнительная правдивость источников, приводимых без критической оценки, отход от первоначального плана книги, который предусматривал характеристики как «красного» так и «белого» террора, но в итоге свелся автором только к «красному», на «белый» рука не поднялась,