Трилиссер, конечно, не возражал и был назначен заместителем наркома РКИ.
В 1934 году на XVII съезде партии М. А. Трилиссер был избран членом Комиссии советского контроля при СНК СССР и ее уполномоченным по Дальнему Востоку.
В 1935 году он был избран членом Президиума и кандидатом в члены Секретариата Исполнительного комитета Коммунистического Интернационала (ИККИ), в котором работал под фамилией Москвин.
В Секретариате ИККИ аппарат Трилиссера курировал работу по линии компартий Латвии, Литвы, Финляндии, Эстонии и Польши. Он отвечал за деятельность спецслужб ИККИ и взаимодействие с органами НКВД, входил в комиссию Секретариата ИККИ по переводу в ВКП (б) членов зарубежных коммунистических партий. В Исполкоме Коминтерна Трилиссер работал до 1938 года.
В ноябре 1938 года Сталину доложили список большой группы работников внешнеполитических ведомств, якобы связанных с подпольной террористической деятельностью, среди которых значилось и имя сотрудника Исполкома Коминтерна Меера Абрамовича Трилиссера. Прочитав список, Сталин синим карандашом поставил свою визу. 23 ноября 1938 года бывший руководитель советской внешней разведки Меер Трилиссер был арестован. В обвинительном заключении, в частности, указывалось:
«Работая в 1926 году начальником Иностранного отдела ОГПУ, Трилиссер вошел в состав антисоветской группы, существовавшей в ОГПУ СССР, и имел организационную связь с врагом народа Ягодой и другими.
В последующие годы, перейдя на работу в аппарат Коминтерна, Трилиссер установил организационную связь по антисоветской деятельности с Кнориным и Пятницким (ответственные сотрудники Исполкома Коминтерна. – Авт.) и по их заданиям насаждал в братских компартиях Греции, Польши, Эстонии, Латвии и других стран троцкистские, шпионские кадры и провокаторов».
1 февраля 1940 года Военная коллегия Верховного суда СССР признала Трилиссера виновным по всем пунктам предъявленного обвинения и приговорила к высшей мере наказания. На следующий день опытный революционер-подпольщик, разведчик и государственный деятель был расстрелян.
Немногим ранее был арестован, а затем расстрелян и генеральный комиссар государственной безопасности Генрих Ягода, против которого Трилиссер выступил в 1929 году.
В 1956 году М. А. Трилиссер был посмертно полностью реабилитирован.
Глава III. Гроссмейстер спецслужб
В ночь с 20 на 21 августа 1937 года в одной из камер внутренней тюрьмы на Лубянке ожидал расстрела бывший начальник внешней разведки НКВД, бывший заместитель начальника военной разведки, основатель советской контрразведки, выдающийся чекист Артур