В конце 1907 года Яков Давтян был арестован полицией «за революционную деятельность». В мае 1908 года был выпущен из тюрьмы под залог и эмигрировал из России в Бельгию, где продолжил учебу в Политехническом университете и получил инженерное образование. Являлся членом Бельгийской социалистической партии и сотрудничал с ее печатными изданиями. Вместе с видным революционером М. М. Литвиновым участвовал в работе русских эмигрантских организаций. В Бельгии он подружился с известной революционеркой Инессой Арманд, проживавшей там в эмиграции.
1 августа 1914 года началась Первая мировая война. Германская армия вероломно вторглась на территорию нейтральной Бельгии и вскоре оккупировала ее. В 1915 году Яков Давтян был арестован германскими оккупационными властями «за ведение антигерманской агитации» и заключен в тюрьму города Аахен. Провел восемь месяцев в одиночной камере, затем был переведен в лагерь для интернированных, находившийся на территории Германии. За неоднократные попытки побега был направлен в штрафной лагерь.
В августе 1918 года, через пять месяцев после подписания Россией Брестского мира с Германией, Яков Давтян по ходатайству первого советского полпреда в Берлине А. А. Иоффе был освобожден немцами из лагеря для военнопленных и вернулся в Россию. В сентябре того же года он становится заместителем председателя Московского губсовнархоза, который возглавляла Инесса Федоровна Арманд, и фактически руководит его работой. К этому периоду относится и его сотрудничество с газетой «Правда», в которой Яков Христофорович публиковал статьи на экономические и политические темы.
В феврале 1919 года партия направляет Я. Давтяна в составе миссии Российского Красного Креста во Францию для решения вопроса о возвращении на родину солдат и офицеров 40-тысячного Русского экспедиционного корпуса. В миссию, которую возглавлял видный революционер Д. З. Мануильский, входила также и И. Ф. Арманд, долгие годы проживавшая в этой стране. Поначалу французы враждебно встретили посланцев революционной России, однако затем были вынуждены согласиться отпустить на родину русских солдат, оказавшихся на чужбине.
В мае 1919 года Яков Давтян и Инесса Арманд сошли с борта французского парохода в Новороссийском порту. Усевшись в пролетку, они собрались было отправиться в путь, но вдруг с трапа парохода сбежал бородатый солдат и, схватив рысака под узцы, громко крикнул: «Товарищи! Не уезжайте! Одну минуточку!»
Седоки повернулись в сторону парохода, и с палубы корабля, как раскаты грома, донеслось троекратное «ура!». Это русские солдаты, возвратившиеся на родину, благодарили Давтяна и Арманд за свое вызволение.
Возвратившись в Москву, Давтян обратился в ЦК партии с просьбой предоставить ему работу с учетом приобретенного зарубежного опыта. В июне 1919 года он был направлен на Украину в качестве особоуполномоченного Совета обороны для инспекции политотделов