В монастырских тюрьмах за узниками велось постоянное наблюдение. Монахи-тюремщики производили обыски, выискивая «зловредные тетрадишки и письма», так как узникам было запрещено писать. Они следили, чтобы узники не общались между собой и с караулом. Беспокойным узникам, нарушавшим суровые тюремные правила, монастырские тюремщики вкладывали в рот кляп; его вынимали только при принятии пищи. Для испанской инквизиции типичен кляп в форме груши, которая могла раздвигаться во рту. Кляп, применявшийся в монастырских тюрьмах, был проще по конструкции, но действовал не хуже испанского, когда надо было заставить узника замолчать.
В 1728 г. в один монастырь был послан иностранец Яков Иванов, принявший незадолго до того православие. Он обвинялся в том, что произносил «сумасбродные слова». Чтобы лишить его этой возможности, ему всунули в рот кляп. Такой режим предписывался и специальными инструкциями Синода: «…а если оный колодник станет произносить важные и непристойные слова, то класть ему в рот кляп и вынимать, когда пища будет дана, а что произнесет в то время, то все записывать и, содержа секретно, писать о том в Тайную канцелярию». Пищей для большинства заключенных были хлеб и вода, некоторым давался скудный тюремный паек. Среди узников были, впрочем, и привилегированные заключенные «благородного звания», которые получали пищу от своих родственников.
Рассматривая своих узников как арестантов, монастырские тюремщики хотели придать им и внешний арестантский вид. Так, архимандрит суздальского Спасо-Евфимиева монастыря Серафим Чичагов пытался одеть своих заключенных в тюремную одежду. Синод, однако, был вынужден охладить рвение тюремщика, так как в монастыри часто ссылались лица без решений суда, в административном порядке. Формально они не лишались гражданских прав, поэтому обращаться с ними как с арестантами было признано неудобным. В 50-х годах XIX в. правительство в связи со слухами об изуверском отношении монахов-тюремщиков к своим узникам пыталось несколько смягчить режим в монастырских тюрьмах. Во главе арестантского отделения хотели поставить светского коменданта, а в придачу ему дать помощника из монахов. Но Синод решительно возражал против такой реформы и в монастырских тюрьмах все осталось по-старому: военная стража и тюремные служители были в полном подчинении архимандрита.
В монастырских застенках «для познания истины» заключенных нередко пытали. Епископ Георгий Конисский так описывает практиковавшиеся в конце XVII в. казни и пытки: «Казни сии были – колесовать, четвертовать и на кол сажать, а самая легчайшая – вешать и головы рубить. Вины их изыскивались от признания их самих, к тому надежным средством служило препохвальное