В январе 1991 года в Таллин прилетел председатель Верховного Совета России Борис Ельцин. Он подписал со своим коллегой, председателем Верховного Совета Эстонии Арнольдом Рюйтелем, договор об основах межгосударственных отношений между двумя республиками. Согласно договору, стороны признавали друг друга независимыми государствами. В Таллине Ельцин обратился к солдатам Советской армии с призывом не стрелять в мирных демонстрантов, как это только что случилось в Литве при штурме Вильнюсской телебашни. Неожиданно его поддержал командир дивизии стратегической авиации генерал Джохар Дудаев, который выступил по эстонскому национальному радио с заявлением, что он не позволит советским войскам прибыть в Прибалтику воздушным путем. Это вызвало шок в Кремле: своенравный Ельцин не только поддержал прибалтийский мятеж, но и привлек на свою сторону стратегическую авиацию, оснащенную ядерными ракетами.
Среди ельцинского окружения кто-то пустил слушок: мол, самолет, на котором Ельцин должен будет возвращаться в Москву, непременно потерпит аварию. Председатель Верховного Совета России решил изменить маршрут и отправиться на машине в Ленинград. Но где достать наземный транспорт? И тут вовремя объявился генерал Дудаев, который оказал Ельцину поистине генеральскую услугу.
– Борис Николаевич! – лихо отрапортовал он. – Мой лимузин – в вашем распоряжении!
С тех пор Джохар Дудаев стал считаться надежным сторонником Бориса Ельцина.
19 января 1991 года в эстонской газете «Вперед» была опубликована статья Джохара Дудаева «Я присягал другому». В редакционной врезке к статье он был представлен единственным в Советском Союзе чеченцем-генералом, а также сообщалось о недавнем избрании его председателем исполнительного комитета съезда чеченского народа. В статье Джохар Дудаев размышлял о выборе, который он вынужден сделать:
«Как военный человек, я обязан беспрекословно выполнять приказы. Я не делаю себе никаких скидок по профессиональной службе из-за парламентской деятельности, напротив, считаю, что дело, которому себя посвятил, я должен делать безупречно. Если же это войдет в противоречие с моей деятельностью парламентария, то есть исполнение воинского долга вступит в противоречие со служением моему народу, то мое мнение однозначно: я присягал другому. Я – летчик, функции дальней авиации не имеют отношения к милицейским или полицейским функциям… Да, в принципе я готов к тому, что командование пойдет на освобождение меня от службы. В этом случае я вернусь на родину, буду служить своему народу – этот вопрос для меня и моей семьи решен твердо. Во мне жива ностальгия по родным, по земле, на которой родился. В нашем народе генетический код крепок. Родина есть Родина».
Весной 1991 года Джохар Дудаев уволился из советских военно-воздушных сил и вернулся в родную Чечню. Поселился в доме старшего брата