Царь поручил Толстому не только довести дело царевича до конца, но, узнав сыскные способности Толстого, назначил его руководить Тайной канцелярией – страшным для людей того времени сыскным учреждением. Петр ценил Толстого и как пыточного мастера, и как выдающегося дипломата, и вообще как умнейшего человека, изворотливого служаку… но так никогда и не доверял ему. Как-то в застолье, когда все перепились, Петр заметил, что Толстой притворяется пьяным и подслушивает вольные речи своих расслабившихся собутыльников. Сам Петр так нередко делал. Тогда он подошел к Толстому, похлопал его по лысой голове и сказал: «Эх, голова, голова! Не была бы ты так умна, я бы давно отрубить тебя велел!» Эпизод примечательный, а если это анекдот, то очень выразительный! Тиранам всегда нужны такие умные, ловкие исполнители, когда-то и в чем-то провинившиеся, запачканные. Они с червоточинкой, сидят на крючке, и их мучает страх и за прежние грехи, и за нынешние преступления. Из года в год, изо дня в день они вынуждены вновь и вновь доказывать хозяину свою особую, исключительную преданность и любовь.
Так и жил Петр Толстой, пока первый император не закрыл глаза навсегда. Тогда, в январе 1725 года, вместе с Меншиковым и Феофаном Прокоповичем Толстой возвел на престол вдову Петра Екатерину I. Но в ее краткое царствование не было покоя старику. Екатерина часто болела, и Толстой больше всего боялся, что после ее смерти императором станет сын убиенного им царевича Алексея великий князь Петр Алексеевич, десятилетний мальчик – надежда всех, кто был недоволен петровскими преобразованиями. А уж новый император Петр II разберется с палачом своего отца! И тут пути птенцов Петра роковым образом разошлись: Меншикову, который решил выдать свою дочь Марию за будущего юного императора Петра II, приход к власти сына царевича был как раз выгоден – он, на правах тестя и наставника, мог удерживать власть в своих руках. Толстой, вместе с зятем Меншикова Антоном Девьером, тоже недовольным грядущими переменами, пытался, как уже сказано выше, воспрепятствовать этому браку, хотел образумить императрицу Екатерину, попавшую под влияние