С июля 1918 года стали действовать фронтовые, а затем и армейские ЧК, которым ВЧК вменялось ограждение частей, соединений, штабов и учреждений РККА от проникновения туда явных дегенератов, агентов иностранных разведок, представителей различных антисоветских организаций, проводивших работу по сбору разведывательной информации, по разложению личного состава путем антисоветской агитации и пропаганды, распространения провокационных, панических слухов, сплетен, измышлений. Одновременно с ЧК борьбой со шпионажем в армии и на флоте занимались и специально созданные органы военного контроля Реввоенсовета Республики. Такое «двоевластие» распыляло силы, создавало совершенно ненужные межведомственные трения. 19 декабря 1918 года бюро ЦК РКП (б) приняло решение о слиянии фронтовых ЧК и аппарата военного контроля. Созданный орган – Особый отдел ВЧК – сыграл большую роль в организации и повышении эффективности работы подразделений военной контрразведки в частях и соединениях Красной Армии.
С первого дня своего существования особые отделы, этот боевой отряд ВЧК, находились под пристальным вниманием партийных органов. С участием военных контрразведчиков в годы Гражданской войны был вскрыт ряд глубоко законспирированных контрреволюционных организаций в ряде регионов страны, в том числе такие, как «Тактический центр» и «Добровольческая армия Московского района», имевшая в своем составе более 700 бывших офицеров.
По заданию иностранных спецслужб и разведок Колчака, Деникина и Юденича участники таких подпольных, широко разветвленных групп и организаций проникали (пишет Черушев) в штабы соединений и объединений (бригад, дивизий, армий, фронтов) Красной Армии, занимались сбором секретных данных, готовили вооруженные выступления в крупных центрах Республики. Армейским чекистам (особистам) вменялся в качестве важнейшей задачи контроль за деятельностью бывших офицеров и генералов царской армии, добровольно или по мобилизации поступивших на службу в Красную Армию (их называли военспецами).
Не является секретом тот факт, что среди последних было немало таких, кто отрицательно относился к власти большевиков и диктатуре пролетариата, выжидая удобного случая для перехода на сторону белых. А были и такие военспецы, которые вступали в Красную Армию, уже имея от белогвардейских центров конкретные задания разведывательного или вредительского характера. Недоверие к «бывшим» со стороны особого отдела, естественно, подогревали и случаи измены, перехода на сторону белых военспецов, занимавших крупные посты – командующих общевойсковых армий, начальников штабов армий и др. Имена этих людей известны. Известно и то, что в годы Гражданской войны нередки были случаи, когда карающая десница пролетарского