Еще раньше во время парламентской предвыборной кампании церковь публично выступила против единого списка кандидатов от партий Национального фронта, что было явным нарушением принципа отделения церкви от государства.
Чешский католический епископат чувствовал за спиной поддержку Ватикана – папа Пий XII выступил 30 июня 1948 года с резкой критикой мирового коммунизма. В это же время Ватикан тайно переправлял в католическую Испанию диктатора Франко, а в Латинскую Америку – немецких, хорватских и словацких нацистских преступников, снабженных свежими ватиканскими паспортами.
Правительство Запотоцкого отреагировало на открытую враждебность церкви требованием отправить в отставку четырех епископов. Остальные должны были подписать документ о лояльности властям (требование, обычное и для довоенной Чехословакии). В октябре 1948 года эти требования были отвергнуты верхушкой католической церкви, а в марте 1949-го епископат вообще прервал все переговоры с правительством. По странному стечению обстоятельств, этот демарш совпал с учреждением в США Совета свободной Чехословакии.
Архиепископ Беран 15 июня 1949 года обратился к населению с пастырским посланием, в котором подтвердил свою бескомпромиссную позицию. Он назвал клятву лояльности по отношению к новому правительству «предательством христианской веры».
Коммунисты отреагировали на жесткую линию Берана не менее жестко. Самого архиепископа отправили под домашний арест, а в пику официальной католической церкви при поддержке властей была создана «обновленная церковь» – движение «Католическое действие» под руководством уже упоминавшегося Йозефа Плойгара. В учредительном заседании приняли участие 70 священнослужителей, а около 2000 выразили свою поддержку.
В ответ епископат отлучил всех участников «Католического действия» от церкви, однако соответствующие декреты от 28 июня и 13 июля 1949 года были объявлены властями недействительными. 19 июня члены Народной милиции попытались помешать службе Берана в главном пражском соборе Святого Вита.
Опять-таки по странному стечению обстоятельств, всплеск конфронтации чешских епископов с государством совпал по времени с учреждением в США Национального комитета за свободную Европу.
Чтобы не провоцировать дальнейшее отлучение от церкви священников, поддержавших «Католическое действие», руководство организацией передали в руки мирян. Ее председателем стал муж известной чешской писательницы Марии Пуймановой Фердинанд Пуйман (талантливый оперный режиссер, по образованию инженер-строитель). При этом среди участников «Католического действия» имелось много коммунистов, так как в то время верующие члены КПЧ (особенно в Моравии) были отнюдь не редкостью.
Помимо чешского епископата в борьбу против «еретиков» из «Католического действия» включился Ватикан, который 20 июня 1949