Однако опыт применения флота в ходе войны вскоре показал наличие недостатков в разграничении функций боевого (оперативного) управления силами флота и руководства его повседневной деятельностью. Поэтому в 1919 году была произведена дальнейшая реорганизация органов управления: Морской отдел РВСР упраздняется; все морские, озерные и речные силы Республики и морские крепости подчиняются командующему Всеми морскими и речными вооруженными силами Республики (коморси), который, подчиняясь РВСР, являлся помощником Главнокомандующего Вооруженными силами страны (по морской части) по подготовке организации морских, озерных и речных сил, по разработке операций по заданиям Полевого штаба РВСР; при коморси на базе изъятых из состава МГШ органов управления боевой (оперативной) деятельностью создавался штаб (Штаб коморси Республики, с 3 июля 1920 года – Штаб всех морских сил Республики); вводится должность управляющего делами НКМД (упморком), которому подчинялись все учреждения, заводы и части, не входившие в состав действующей армии, он же являлся ответственным руководителем по вопросам деятельности МГШ, утратившего со второй половины 1919 года значение высшего оперативного органа РККФ. «Образование Штаба коморси Республики, очевидно, имело целью совершенствование системы боевого управления силами флота, однако в первое время из-за отсутствия разработанных планов применения сил и устойчивой связи со штабами группировок на театрах военных действий он не смог выполнять свои задачи в полном объеме. К тому же возникла неясность в разграничении сфер ответственности между ним и Морским Генеральным штабом… Положение осложнялось тем, что коморси Республики и упморкому были свойственны задачи, властные полномочия и круг ответственности такие же, как у бывшего Морского отдела РВСР…»[305].
К весне 1919 года в составе Региструпра приступили к созданию морского разведывательного отделения[306].
В период Гражданской войны и отражения интервенции экспедиционных корпусов США, Англии и Франции посты радиоразведки действовали и на некоторых кораблях советского Балтийского флота, но это был лишь эпизодический радиоперехват без радиопеленгования. По сути, такая организация добывания сведений о противнике в радиоэфире на Балтийском флоте соответствовала в большей степени радионаблюдению, чем радиоразведке, отброшенной революционными событиями на первоначальную ступень своего развития.
На Черном море Гражданская война началась сразу же, как только власть в Севастополе перешла к Военно-революционному комитету. 26 ноября 1917 года части Белых захватили власть в Ростове. Примерно в эти же дни в Симферополе образовалось крымское реакционное правительство, которое стало создавать свои вооруженные силы.