Одновременно, начальник Штаба КБФ капитан 1-го ранга А. П. Шер-гин подписал приказ за № 1оп/551с, где предписывал командующему ВВС КБФ комбригу А. А. Кузнецову 19 октября срочно перебазировать тылы 44-й ближнеразведывательной авиаэскадрильи в Гапсаль (Хаапсалу) и 12-й дальнеразведывательной авиаэскадрильи в Кильконд (Кихельконну)[863]. Соответственно, 19 октября командующий Военно-воздушными силами КБФ распорядился о перебазировании 12-й, 43-й и 44-й авиаэскадрилий в Эстонию. Все тылы эскадрилий планировалось отправить морем, на транспортах «Балхаш», «Луначарский» и «Пионер», а сами самолеты – по воздуху[864].
Нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов заранее поспешил установить нормы поведения для личного состава соединений Краснознаменного Балтийского флота, предназначенных для перебазирования в Прибалтику. В своей директиве № 3208с от 14 октября 1939 г. он напоминал, что советским военным морякам не следует «представлять себя в роли победителя и завоевателя и тем самым задевать самолюбие граждан иностранных республик»[865]. Необходимо было помнить, что пребывание на территории иностранных государств ни в коей мере не должно было затрагивать суверенных прав Эстонской и Латвийской республик, «в частности их экономической и социальной системы и военных мероприятий». Всю свою деятельность на территории прибалтийских государств командование КБФ должно было строить в строгом соответствии с «Руководством по взаимоотношениям с иностранными военными кораблями и властями», утверждённом в 1939-м году[866].
15 октября нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов, своим приказом № 00146, утвердил новую систему базирования кораблей КБФ на порты Эстонии и Латвии на 1939–1940 годы. Основные силы флота следовало сосредоточить в Таллине – линкор «Марат», 2-й дивизион эсминцев, 1-й дивизион сторожевых кораблей, тральщики «Заряд» и «Верп», 17-й и 22-й дивизионы подводных лодок, плавбазу «Полярная Звезда» и гидрографические суда «Норд» и «Вест». В Палдиски было решено держать только 24-й дивизион подводных лодок, тральщики «Фугас» и «Гафель», плавбазу «Кронштадт», в Вентспилсе – 13-й дивизион подлодок и плавбазу «Смольный». В Лиепае было предписано базировать крейсер «Киров», 1-й дивизион эсминцев и 11-й дивизион подлодок[867]. 28 октября нарком ВМФ включил в число кораблей, базирующихся в Таллине, минный заградитель «Марти» и эсминцы 3-го дивизиона («Карл Маркс», «Володарский» и «Энгельс»)[868].
Однако на деле всё получилось далеко не так просто, как предполагало высшее командование ВМФ. Прибалтийские военно-морские базы были рассчитаны на потребности собственных небольших военных флотов (ВМФ Эстонии – 1 старый миноносец, 2 подводных минных заградителя, 2 сторожевых корабля, 5 канонерских лодок, 2 минных заградителя, 3 тральщика, а ВМФ Латвии – 3 тральщика и 2 малые подлодки[869]) и не могли обеспечить пребывания того количества кораблей и судов КБФ, которое было запланировано