Почти с самого начала среди протестантов существовали разногласия относительно роли государственной власти в делах религии. Лютер желал бы повсюду, где государи были протестантами, признать их главами церкви в своих странах. В Англии Генрих VIII и Елизавета упорно настаивали на своем праве быть главой церкви; так же поступали протестантские государи в Германии, Скандинавии и в Голландии, после отпадения ее от Испании. Это усилило уже существовавшую тенденцию к увеличению власти королей.
Но те протестанты, которые серьезно относились к индивидуалистическим аспектам Реформации, не хотели бы подчиняться королю в той же степени, как и папе. Анабаптисты в Германии были подавлены, но их учение проникло в Голландию и Англию. Конфликт между Кромвелем и Долгим Парламентом имел много сторон; в теологическом отношении он частично был конфликтом между теми, кто отвергал, и теми, кто разделял взгляд, что решать религиозные вопросы должно государство. Постепенно усталость, явившаяся следствием религиозных войн, привела к возрастанию веротерпимости, что и было одним из источников направления, развившегося впоследствии в либерализм XVIII–XIX веков.
Успех протестантов, вначале удивительно быстрый, был приостановлен главным образом таким противодействующим фактором, как создание Лойолой ордена иезуитов; Лойола был солдатом, и его орден был устроен по военному образцу: в ордене должно было существовать непререкаемое послушание генералу, и каждый иезуит должен был считать себя участником войны против ереси. Еще во времена Тридентского собора иезуиты приобрели большое влияние. Они были дисциплинированными, способными, глубоко преданными своему делу и умелыми пропагандистами. Их богословское учение было противоположно учению протестантов. Они отвергали те части учения св. Августина, которые подчеркивали протестанты. Они верили в свободу воли и выступали против учения о предопределении судьбы. Спасение достигалось не одной лишь верой, но верой и деятельностью в их соединении. Иезуиты приобрели престиж своим миссионерским рвением, особенно на Дальнем