Сам он был членом многих обществ и братств – «Germania Innsbruck» (1893), «Teutonia Wien» (1893), «Gothia Wien» (1919).
С Адлером и Фридъюнгом Шёнерер порвал из-за еврейского вопроса. Все пангерманисты страны обычно испытывали расхождения в этом вопросе.
В начале марта 1888 года Шёнерер прочитал в газете «Neuen Wiener Tagblattes» («Новый венский ежедневный листок») сообщение о смерти императора Вильгельма I и распереживался настолько, что организовал в ресторане поминальный вечер для своих сторонников. Там он лил слезы и произносил траурные речи, пока внезапно не выяснилось, что эта публикация была газетной «уткой». В гневе Шёнерер явился в газету с угрозами и был арестован за хулиганство. Суд выглядел противоречиво и нелепо, свидетели путались в показаниях. Сам скандальный депутат утверждал, что намеревался всего лишь добиться правды от газетчиков. Сотрудники газеты показали в суде, что он кричал: «День мщения настал!» и запер дверь, угрожая им палкой. Свидетели, поддержавшие газетчиков, утверждали, что он нападал с кулаками на двух редакторов и кричал. Девятнадцать свидетелей самого обвиняемого заявили, что все было иначе. Ситуация осложнилась еще и тем, что по закону парламент должен был лишить Шёнерера депутатской неприкосновенности, но парламентарии поначалу не могли решить этот вопрос. В конце концов Шёнерера сдали правосудию, и он был приговорен к четырехмесячному заключению, пятилетнему отлучению от парламентской деятельности и выплате крупного штрафа.
Вся эта история только добавила ему популярности в немецкой среде, и Шёнерер, лишенный прав на государственную деятельность, посвятил себя общественной – то есть формированию пангерманского движения. Потом он вновь прошел в парламент, где успешно провоцировал срывы заседаний и обструкции по вопросу о языках. Однако из-за своего поведения он лишился доверия власти и не был переизбран в Имперский Совет.
Своим главным политическим конкурентом он считал бургомистра Вены Карла Люгера, главу Христианско-социальной партии и новатора в области церковной системы. Поначалу Шёнерер едва не сделался сторонником бургомистра-антисемита, но потом размежевался с ним из-за религиозных взглядов. Позднее большинство сторонников Шёнерера покинули его, чтобы примкнуть к Люгеру.
После 1907 года Шёнерер стал политическим изгоем, он лишился даже своего наследственного дворянского титула, полученного от отца.
Незадолго до смерти, в 1917 году, он был амнистирован