На период руководства ФСБ Патрушевым приходятся самые масштабные террористические акты, потрясшие Россию. Не успели его утвердить в этой должности, как 4 сентября 1999 в Буйнакске (Дагестан) произошел взрыв начиненного взрывчаткой автомобиля, вызвавший разрушение жилого дома; 9 сентября 1999 г. – ночной взрыв жилого дома на улице Гурьянова в Москве; 13 сентября – взрыв жилого дома на Каширском шоссе в Москве; 16 сентября – взрыв жилого дома в Волгодонске. Организаторами взрывов были объявлены чеченские сепаратисты.
Во время захвата заложников чеченскими боевиками в театральном центре на Дубровке в Москве 23–26 октября 2002 г. Патрушев входил в штаб по освобождению захваченных террористами людей. Увы, операция обернулась большими жертвами. Тогда вместе с террористами на Дубровке от отравления газом погибли и 129 заложников. Причем многих из них можно было спасти – не хватило квалифицированных врачей и машин скорой помощи. Патрушев к тому же запутался в цифрах – сначала утверждал, что уничтожены 34 боевика, потом – что «41 боевик во главе с Мовсаром Бараевым»[8]. Многие СМИ предсказывали в те дни скорую отставку Н. Патрушева в связи с тем, что возглавляемая им ФСБ проглядела несколько десятков вооруженных бандитов, проникших в Москву, однако отставки не последовало. Мало того, 3 марта 2003 «Новая газета» сообщила, что Н. Патрушеву закрытым указом президента было присвоено звание Героя России за успехи в чеченской войне[9].
Террористы, тем не менее, продолжали наносить по России удар за ударом.14 мая 2003 г. на религиозном празднике в селе Илисхан-Юрт три женщины-смертницы взорвали пояса шахидов, в результате чего погибли 26 и были ранены 150 человек. 5 июня в Моздоке (Северная Осетия) женщина-смертница взорвала пояс шахида в автобусе, погибли 19 человек, ранены 12. 5 июля 2003 г. в Москве в Тушино подорвались две смертницы, 16 убитых, 40 раненых. 10 июля не удалась попытка взорвать кафе в Москве на Тверской, смертница арестована, при разминировании бомбы погиб сапер ФСБ. 1 августа 2003 г. в Моздоке террорист-смертник взорвал военный госпиталь, по официальным данным погибло 50 человек, 80 ранены (есть основания подозревать, что число пострадавших было занижено). 3 сентября 2003 г. террористы взорвали электричку Минеральные Воды – Кисловодск, пятеро погибших, более 50 раненых. 5 декабря 2003 г., накануне парламентских выборов, вновь была взорвана электричка Минеральные Воды – Кисловодск, 44 погибших, десятки раненных. 8 декабря, на следующий день после выборов, террористка-смертница, направлявшаяся с поясом шахида в Государственную Думу, взорвалась у гостиницы «Националь» (шестеро погибших, раненые). 6 февраля 2004 г. в час пик был взорван вагон в московском метро, погибло около 40 человек, более 100 – тяжело ранены. В конце августа 2004 г. в России было совершено несколько терактов: взрыв автобусной остановки на