В 1584 г. жизнь государя оборвалась. Богдану Бельскому он полностью доверял, невзирая на измену его братьев. Этот приближенный возглавлял внешнеполитическое ведомство, отвечал за здоровье царя. Был оклеветан и казнен личный врач Грозного Елисей Бомелий. На его место Бельский ввел доселе неизвестного приезжего фламандца Иоганна Эйлофа. В 1581–1582 гг., во время визита в Россию Антонио Поссевино, переговоры с ним вел Бельский, и зафиксированы, по крайней мере, две встречи иезуитов с врачом Эйлофом. Именно Бельский и Эйлоф лечили внезапно заболевшего наследника престола Ивана Ивановича, документы об этом сохранились. Царевич умер, наследником стал второй сын, немощный Федор. Попытки навязать церковную унию Иван Васильевич, конечно же, отверг. Но Поссевино, вернувшись в Италию, в августе 1582 г. уверенно заявил правительству Венеции, что царю осталось жить недолго.
Голландец Исаак Масса, живший в Москве несколько позже, но имевший какие-то очень хорошие источники информации при дворе, записал о гибели Грозного: «Один из вельмож, Богдан Бельский, бывший у него в милости, подал ему прописанное доктором Иоганном Эйлофом питье, бросив в него яд». О враче известно, что он после кончины государя встречался в Москве с польским послом Сапегой, передал ему ценные сведения. А потом выехал за границу и появился в окружении виленского кардинала Радзивилла, представил ему исчерпывающий доклад о положении в России. О прибытии в Польшу царского лекаря папский нунций Болоньетти счел нужным сразу же послать донесение в Ватикан. Историк Т.А. Опарина отмечает: «Таким образом, Иоганн Эйлоф продолжил сотрудничество с иезуитами и информировал орден о политических разногласиях в российских верхах».
Царем стал Федор Иоаннович, слабый и болезненный, не способный управлять самостоятельно. Но вокруг трона сразу же закипела борьба, и реальную власть перехватил Борис Годунов – Федор был женат на его сестре. Всесильному Бельскому ничего не обломилось. Его ненавидели другие бояре, видели в нем «выскочку», Годунов без труда вошел с ними в союз, Бельского лишили всех постов и отправили в ссылку. Соответственно, и заказчики цареубийства не смогли воспользоваться результатами своей операции. Политика России на первых порах осталась