В том же году Никодим встретился с Паисием (Величковским), занимавшимся исследованием и распространением святоотеческих творений.
Некоторое время спустя Никодим перебрался в Пантократорский скит. На этом этапе духовное руководство над ним осуществлял старец Арсений Пелопонесс. Находясь в послушании у Арсения, Никодим боролся с греховными помыслами, взращивал добродетели, учился преодолевать козни невидимых врагов, изучал Книги Писания и святоотеческую литературу.
В 1783 году святой Никодим, с благословения руководства, принял схиму и предался молитвенному безмолвию.
По прибытии на Святую Гору митрополита Коринфского Макария, на Никодима было возложено новое послушание: редактирование сочинений святого Симеона Нового Богослова. Прервав подвиг безмолвия, он вновь погрузился в литературное творчество.
Незадолго до смерти преподобный сменил место жительства. Перебравшись к братиям во Христе, Неофиту и Стефану Скуртеям, иеромонахам и иконописцам. Ввиду того, что из-за ухудшения здоровья отец Никодим не мог самостоятельно заниматься издательством книг, он упросил их помочь ему в этом богоугодном деле.
В ночь своей смерти отец Никодим пребывал в молитве, благодаря Бога и прося у Него милости. Перед кончиной он причастился Тела и Крови Христовых.
14 июля 1809 года преподобный Никодим Святогорец мирно почил о Господе и отошел в Царство Небесное.
Когда, например, больной расположится благодушно переносить болезнь свою, и переносит; враг, зная, что таким образом он утвердится в добродетели терпения, подступает расстроить такое его благорасположение. Для сего начинает приводить ему на ум многие добрые дела, которые мог бы он совершить, если б находился в другом положении, и старается убедить его, что если бы был здоров, как добре поработал бы Богу и сколько пользы принес бы и себе и другим: ходил бы в церковь, вел бы беседы, читал бы и писал в назидание ближним, и т. п. Заметив, что такие мысли принимаются, враг почаще приводит их в ум, размножает и раскрашивает, проводит до чувства, вызывает желания и порывы к делам тем, представляя, как хорошо шли бы у него те или другие дела, и возбуждая жаление, что связан по рукам и ногам болезнию.
Мало-помалу, при частых повторениях таких мыслей и движений в душе, желание переходит в недовольство и досадование. Прежнее благодушное терпение таким образом расстраивается, и болезнь представляется уже не как врачевство от Бога и поприще для добродетели терпения, а как нечто неприязненное делу спасения, и желание освободиться от нее делается неудержимым, все еще в видах получения чрез то простора для доброделания и угождения Богу всяческого.
Доведши