Одновременно зодчий приделал зданию и второй главный фасад – с южной стороны. Его акцентом служил тяжелый портик из двух пар колонн дорического ордера, соединенных монументальной аркой. В 1793–1801 годах к северному крылу была сделана трехэтажная пристройка с ротондой, оформлявшей угол Большой Дмитровки и Георгиевского переулка. Выходивший на улицу фасад утратил свою симметрию и строгость.
После пожара 1812 года пострадавшее здание восстанавливалось учеником Казакова архитектором А. Н. Бакаревым. К этому времени относится и резкое изменение окружающей среды. На месте выгоревшей беспорядочной застройки формируется прекрасная Театральная площадь, заключается в подземный коллектор грязная речка Неглинная, и вдоль него прокладывается относительно широкий по московским меркам проезд, получивший название Охотного Ряда. Именно с этой стороны здание стало обозреваться гораздо лучше, чем с узкой Дмитровки, и южный фасад окончательно стал главным.
Это имело и отрицательные последствия – теперь с Охотного Ряда прекрасно просматривалась верхняя часть Колонного зала. Ее примитивные формы плохо увязывались с эффектным казаковским фасадом. Стала очевидной необходимость реконструкции здания. Однако отсутствие средств заставило отложить эту меру почти на столетие. Лишь в 1903–1908 годах по проекту архитектора А. Ф. Мейснера над всеми корпусами был надстроен третий этаж, изменены фасады и планировка помещений, прилегающих к Колонному залу. Коренным образом изменилось решение фасадов. На главном – старый тяжеловесный фронтон с аркой сменился легким антаблементом, колонны (теперь уже коринфского ордера) поднялись на уровень второго этажа, над серединой фасада появился невысокий купол.
Аналогичные изменения произошли и с портиком на Большой Дмитровке. Вместо тяжелых дорических колонн, стоявших на невысоком цоколе, появились шесть легких коринфских, также поднявшихся на уровень второго этажа. В отличие от старого новый портик меньше выступал за общую линию фасада, что являлось благом для оживленной улицы.
На здание был «наведен глянец», тяжеловатые и строгие казаковские формы исчезли, сменились более изящными. Хотя Мейснер изо всех сил старался оставаться верным принципам русского классицизма, это получилось у него не слишком удачно. Дом Благородного собрания утратил характер построек XVIII века и превратился в не самый удачный образец неоклассицизма начала XX века.
Зато в полной неприкосновенности оставил архитектор жемчужину творчества М. Ф. Казакова – Колонный зал, а также интерьеры примыкающих к залу гостиных. Колонный зал, безусловно, относится к шедеврам русской архитектуры. Главным элементом его убранства являются поставленные по периметру белоснежные колонны. Архитектурное чутье позволило Казакову так поставить 28 коринфских колонн, что совсем не ощущается их массивность