Опасаясь высадки очередной партии «разбойников», Мюрат предпринял контрмеры. По всему побережью им были организованы секреты и засады. Между тем разоблачение заговора Кадудаля вызвало такой порыв преклонения французов перед Наполеоном, что он решил воспользоваться этой минутой, чтобы осуществить, наконец, свои честолюбивые мечты. И 6 мая 1804 года он торжественно принял титул императора французов. Мюрат принимает участие в его коронации, а вскоре после нее пишет Наполеону довольно любопытное письмо. В нем он просит императора… помиловать Кадудаля. Маршал готов поручиться за него своей головой и был бы не против, чтобы тот стал его адъютантом. Почему он так переменился к главному заговорщику, неизвестно. Но уж точно не из милосердия: жесток порой он был не только в бою.
Еще больше вопросов вызывает участие Мюрата в истории с захватом, осуждением и расстрелом несчастного герцога Энгиенского, которого Наполеон считал участником того же заговора. В этом деле Мюрат действовал точно в соответствии с инструкциями, полученными от императора. Оригинал записки Наполеона, определившей судьбу герцога Энгиенского, обнаружен не был. Но, судя по копии ее, опубликованной Агаром, доверенным человеком Мюрата, в ней было написано следующее: «Дайте понять членам комиссии, что нужно закончить ночью, и прикажите, чтобы приговор, если он, в чем я не могу сомневаться, потребует смерти, был исполнен немедленно и осужденный погребен в одном из дворов форта». И хотя некоторые исследователи подвергали этот текст сомнению, самым неоспоримым доказательством его достоверности может служить тот факт, что дальнейшие события развивались в полном соответствии с ним.
Эту инструкцию 20 марта 1804 года привез Мюрату адъютант Наполеона, преданный ему до самозабвенья генерал Анн Жан Мари Рене Савари. Впоследствии он уверял, что ничего не знал о ее содержании. А еще упомянул о том, что в приемной генерал-губернатора встретился с выходящим от него Талейраном. О чем тот говорил с Мюратом, неизвестно, но Савари утверждал: «Было необходимо, чтобы какой-то значительный человек выступил посредником между первым консулом и губернатором Парижа, чтобы вынудить последнего действовать быстро и убедить его в том, что, хотя первый консул и не хотел дать точный приказ, цель которого – исчезновение герцога Энгиенского, он был бы доволен, если бы это случилось».
А далее в соответствии с инструкцией Наполеона Мюрат отдал приказ Савари взять на себя командование его гарнизоном. Маршал определил состав военной комиссии, куда вошли командиры отдельных частей парижского гарнизона, преданные Бонапарту, и назначил ее председателем генерала Пьера Огюстена Юлена, участника взятия Бастилии. В час ночи начался суд над герцогом Энгиенским. Подсудимый попросил о свидании с первым консулом, но эту просьбу сочли