По мнению Робертса, истинной страстью Вейсгаупта были интриги. С ранних лет его интересовали тайные общества вроде пифагорейского союза. Он вступил в масонскую ложу в 1774 г., но был разочарован отсутствием у франкмасонов политических целей и настоящих тайн, а также высокими членскими взносами. Он решил организовать собственное тайное общество. На первом заседании, состоявшемся 1 мая 1776 г., присутствовали только сам Вейсгаупт и четверо его студентов. Он назвал свое общество орденом иллюминатов.
Неоднозначность личности Вейсгаупта отразилась на особенностях ордена. Его мировоззрение было идеалистическим, на грани наивности. Единственной целью ордена Вейсгаупт указал «донести до человечества, сколь важны совершенство разума и его благородство… чтобы сопротивляться злым замыслам, чтобы помочь в борьбе с несправедливостью по отношению к обездоленным и угнетенным, чтобы подвигнуть людей на доблестные дела и в целом способствовать улучшению средств познания и науки». В то же время, став главой собственного тайного общества, Вейсгаупт смог удовлетворить свою жажду внимания и интриг. Он тщательно раздувал ауру таинственности вокруг ордена. Члены организации получали новые имена, должны были выучить значения тайных слов, пройти тщательно разработанные обряды посвящения, им было приказано порвать все отношения с семьей и друзьями. Чтобы набрать новых членов ордена, Вейсгаупт внедрял иллюминатов в масонские ложи и сманивал людей оттуда. Он разработал сложную иерархию, про которую не знал никто, кроме самых высокопоставленных участников. Для продвижения вверх требовалось полное беспрекословное послушание. Истинные политические цели ордена – мирное преобразование общества – лишь постепенно раскрывались перед участником по мере достижения наивысших ступеней иерархии.
К началу 1780-х гг. в ордене насчитывалось около 300 членов со всей Европы. Однако расширение организации привело к ослаблению конспирации. Властность и педантичность Вейсгаупта раздражали некоторых новых участников. Несколько человек проговорились о деятельности иллюминатов посторонним лицам, преувеличив исходящую опасность. К 1784 г. слухи об ордене привлекли внимание властей. Правительство Баварии издало указ, запрещающий тайные общества, и Вейсгаупт прекратил собрания иллюминатов. Утечка информации продолжалась, газетчики и проповедники все чаще распространяли тревожные слухи, обвиняя иллюминатов в «безбожии, неверности правящему дому, политических интригах и моральной испорченности».
Отчаянно пытаясь спасти свою организацию, Вейсгаупт лично встретился с Карлом Теодором, курфюрстом Баварии, и поведал ему