Шахабади оказал колоссальное влияние на формирование взглядов и убеждений Хомейни, который, в свою очередь, повлиял на становление М. Мутаххари как философа и мыслителя. Мирза Мохаммад Али Шахабади наряду с занятиями по этике и духовной подготовкой своих учеников обладал твердой политической позицией. Он не скрывал своего недовольства официальной политикой иранских властей по ослаблению влияния религии на общественную жизнь, а в одном своем труде назвал ислам «наиболее политической религией»[31]. Несомненно, эта религиозно-политическая направленность учителя оказала влияние на Хомейни, последующая жизнь которого будет связана с политической борьбой. X. Алгар в своей биографии Имама Хомейни высказывает мнение, что изучение им философии и мистицизма под руководством Шахабади сыграло ключевую роль в последующем становлении религиозно-политической доктрины исламского движения под руководством Имама Хомейни[32].
Когда Мирза Мохаммад Али Шахабади в 1936 г. покинул Кум, он поручил вести занятия по этике (ахлак) своему любимому ученику – Хомейни. Таким образом молодой Хомейни начал самостоятельное преподавание этики (ахлак) и мистицизма (ирфан) в Куме. Его занятия вызывали колоссальный интерес в религиозных кругах и собирали огромные аудитории слушателей из разных городов Ирана, что вызывало недовольство властей, которые пытались ограничить влияние религиозных проповедников на народ и накладывали административные запреты на выступление тех или иных лиц с кафедр мечетей и медресе. Кроме того, в 1940-е гг. Хомейни вел занятия по книгам «Асфар аль-арба’а» Муллы Садра и «Шарх-е Манзуме» Сабзевари для узкого круга заинтересованных студентов, среди которых одним из наиболее активных оказался Муртаза Мутаххари.
М. Мутаххари стал посещать занятия Имама Хомейни вместе с другим талантливым учеником медресе Хосейном Али Монтазери из Наджафабада, который, несмотря на определенную разницу в возрасте, стал его лучшим другом на протяжении всего времени учебы в Куме. Вместе они были самыми активными участниками семинаров Хомейни по этике и ирфану.
Их первое знакомство состоялось на семинарах по усуль аль-фикх, на которые они ходили в 1941 г. для того, чтобы подготовиться к получению высшего религиозного образования (дарс-е харедж), и которые вел Сейед Мохаммад Мохаггег Дамад[33]. Монтазери тогда предложил Мутаххари совместно обсуждать пройденные уроки, но Мутаххари воспринял это предложение скептически, так как стремился проводить свое свободное время в одиночестве, для чего даже добился получения отдельной комнаты в медресе, что было для семинариста непозволительной роскошью. Однако в этот раз М. Мутаххари, оценивший способности своего младшего товарища, сделал исключение, и вскоре Х.А. Монтазери по просьбе самого М. Мутаххари