Зная о возникшей военной оппозиции против Ворошилова, Сталин принял сторону абсолютно преданного ему Ворошилова. Уже в августе 1936 года последовали первые аресты военачальников в рамках «большой чистки» в вооружённых силах. Были арестованы комкоры В. М. Примаков и В. К. Путна. 10 мая 1937 года Тухачевский был переведен с поста первого заместителя наркома обороны на должность командующего войсками Приволжского военного округа. 22 мая он был арестован в Куйбышеве, 24 мая перевезён в Москву, 26 мая после очных ставок с Примаковым, Путной и Фельдманом дал первые признательные показания (ВИКИПЕДИЯ).
По одной из версий обвинения в адрес Тухачевского были основаны на частично сфабрикованной нацистскими спецслужбами и переданной Сталину через президента Чехословакии Бенеша «красной папке» с доказательствами конспиративных контактов Тухачевского с германским Генштабом. Упоминание об этом присутствует в книге Дугласа Грегори «Шеф гестапо Генрих Мюллер. Вербовочные беседы».
Автором этой книги были ранее опубликованы воспоминания партизан Белоруссии о том, что вызволенный ими из фашистского плена посол СССР в Чехословакии С. С. Александровский рассказад им о причастности к передаче в 1937 году из Праги в Москву полученные им от президента Чехословакии Бенеша документов, компрометирующих Тухачевского в его связях с генеральным штабом фашистской Германии. Не из-за них ли вызволенный из фашистского плена партизанами бывший посол в Чехословакии Сергей Сергеевич Александровский был обвинен в Москве в шпионаже в пользу Германии и был расстрелян 4 августа 1945 года?
Один из подручных Гитлера Шелленберг также упоминает о передаче компромата на Тухачевского Сталину. Шелленберг даже вспомнил, что компромат был сфабрикован за 4 дня. В нем было совсем немного документов.
Высказывается еще одна версия о том, что компромат на Тухачевского был организован самим Сталиным с двойной целью – ослабить германский генеральный штаб и получить повод для борьбы с Тухачевским «со стороны», то есть как со шпионом. Последнюю версию попытался опровергнуть бывший один из руководителей ОГПУ, он же генерал-лейтенант МВД СССР П. А. Судоплатов в своей книге воспоминаний «Спецоперации. Лубянка и Кремль. 1930 – 1950 годы»:
«Уголовное дело против Тухачевского целиком основывалось на его собственных признаниях, и какие бы то ни было ссылки на конкретные инкриминирующие факты, полученные из-за рубежа, начисто отсутствовали. Если бы такие документы существовали, то я как заместитель начальника разведки, курировавший накануне войны и немецкое направление, наверняка видел бы их или знал об их существовании».
«…Основывалось на его собственных признаниях…» – так в чем же сознался после пыток Тухачевский? В том, что создал никчемный, не нужный СССР Реактивный НИИ, чтобы ослабить мощь Советского Союза?
Кое-что